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第501統合戦闘航空団が本格的に解散し、魔法力を失った芳佳は扶桑皇国で医学校入学を目指して勉学に励んでいた。ロマーニャ解放後の1945年、扶桑皇国のウィッチ服部静夏軍曹が美緒の命を受けて現れて、欧州のヘルウェティア医学校からの招聘状を渡し、芳佳が留学するときには欧州まで護衛として自分が付き添うよう指示されていることを話す。最先端の医学が学べると意欲を燃やす芳佳は留学を決意し軍医少尉相当として現役復帰し、静夏と共に欧州へ向かう。一方、ガリアが解放されヴェネツィアのレガタ・ストリカの再開が予定されるなど、小康状態にある欧州だが、国境警備で確認されない不審なネウロイが現れていた。
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The Raimon team has been invited by Fifth Sector strangely to a soccer camp. When they agree, things go out of hand since it was revealed that Fifth Sector wants to eliminate them once and for all in the island called God Eden. Now, the Raimon team needs to train harder, to be able to show that they have the strength to fight back and prove Fifth Sector's doings wrong.
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国際諜報組織SMLの女性エージェント“お色気”は、秘密結社“ブタのヒヅメ”の空中要塞から新兵器の重要パーツを盗み出した。要塞から脱出した彼女は東京湾に着水、近くを通りがかった屋形船へと逃れた。折りしもその船では、しんのすけたちふたば幼稚園の一行が遠足の真っ最中。しんのすけと仲間たちは“お色気”もろとも空中要塞に捕まってしまう。一方、野原家のもとに、SMLのエージェント“筋肉”が現われる。
