Taeko Oda

제 501통합전투항공단이 본격적으로 해산되어, 마력을 상실한 요시카는 후소황국에서 의학교 입학을 목표로 공부에 열중하고 있었다. 로마냐 해방 후인 1945년, 후소황국의 위치인 핫토리 시즈카 중사가 나타나 유럽의 의사학교로부터의 초대장을 건네며, 요시카가 유학을 갈 때에는 자신이 유럽까지 호위로서 따라가도록 지시받았다고 이야기한다. 최첨단 의학을 배울 수 있다며 의욕을 불태우는 요시카는 유학을 결심하고 시즈카와 함께 유럽으로 향한다. 한편, 갈리아가 해방되어 베네치아 공국의 레가타 스토리카의 재개가 예정되는 등, 소강상태에 접어든 유럽이었지만, 국경에서 확인되지 않은 수상한 네우로이가 나타나고 있었다.

썬더코리아의 세계제패 이후 최고의 인기를 누리고 있는 축구는 피프스 섹터로부터 경기의 결과까지도 관리되는 상황에 처한다. 천둥 중학교 축구부 신입 부원 ‘천마루’와 친구들은 진정한 축구를 되찾기 위해 애쓰지만 피프스 섹터의 명령으로 의문의 섬 ‘갓 에덴’으로 끌려가게 되고, 수수께끼의 시드 팀 ‘언리미티드 샤이닝’과 시합을 벌이나 힘없이 패하고 만다. 위기에 처한 축구부 앞에 행방불명이었던 ‘강수호’와 전설의 선수들이 모습을 드러내는데… 전설의 천둥일레븐과 특훈을 시작한 천마루와 축구부는 시드와의 재시합에서 승리하고 갓 에덴의 비밀과 성제 알렉스의 음모를 밝혀낼 수 있을 것인가!?

악의 집단 돼지발굽은 전대미문의 최강의 바이러스를 퍼뜨려 전세계의 컴퓨터를 지배하여 세계정복을 꾀한다. 이에 그 음모를 막기 위해 세계평화를 지키려는 비밀조직 SML은 코드명 "섹시걸"을 보내 바이러스 디스크를 빼 오게 한다. 섹시걸은 디스크를 훔쳐 하늘위를 날으는 돼지발굽에 대해서 탈출하지만, 바다에 떨어져 마침 바다에서 식사를 하고 있던 짱구네 유치원 식구들과 만나게 된다.