Steve Comesky

1900年代のニューヨーク、幼少期に両親と離れ離れになったピーターは、裏社会を牛耳る男の下で悪事を働く毎日を過ごしていた。そんなある日、美しい令嬢ベバリーと出会った彼は瞬く間に恋に落ちるが、不治の病に侵され余命わずかな彼女は亡くなってしまう。100年後、記憶を失ったピーターは生きる意味さえもわからず街をさまよっていた。

“デートのことなら僕におまかせ”のデート・ドクターであり、恋愛はお手のもののアレックス・ヒッチ（ウィル・スミス）だったが、ゴシップ・コラムニストのサラ（エヴァ・メンデス）と出会って恋に落ちてしまう。しかし自分の恋にはなすすべがないヒッチは……。

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？

1876年。英国貴族のレオポルド公爵は、政略結婚の花嫁選びのためNYへ。不審な男を見つけた彼は、後を追ううちに現代へタイムスリップする。男は天才科学者スチュアートで、過去へ旅する方法を見つけたという。次のタイムトラベルが可能になるまでの1週間、スチュアートのアパートに滞在することになったレオポルド公爵は階下に住むキャリアウーマン、ケイトと知り合うが、彼女は浮き世離れした彼を売れない俳優と思い込む。