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都会の片隅で、町ネズミのガンバとマンプクは楽しく暮らしていた。ある日ガンバは、「海は世界で一番広くて大きい」と聞き、海を目指す旅に出る。二匹は港で船乗りネズミの宴に参加するが、そこへ弱りきった島ネズミの忠太が助けを求めやってきた。しかし船乗りネズミたちは、敵が白イタチの「ノロイ」だと聞いたとたん、勝ち目がないと逃げ出してしまう。絶望する忠太を見たガンバは、自分だけでも島ネズミを助けようと決心する。夜が明け、出航のとき。なんとボーボ、ヨイショ、ガクシャ、イカサマ、そしてマンプクもガンバの心意気にひかれ、船に乗り込んでいた。
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町に戻っていたガンバは、かつての仲間たちとひさしぶりに再会する。たがシジンはひとり悲しみに沈んでいた。許嫁のナギサが、南の島に墓参りに行くと言って旅立ったきり戻ってこないのだ。シジンの頼みでナギサを探しに行く決意をしたガンバたちは、船に潜り込み、南の島をめざす。島にたどり着いたガンバたちは、ある手掛かりを得て、川の上流へと向かう。途中、キマグレやウキクサといった動物たちと出会いながら、彼らの旅はなおも続くのだった。
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大都会に住むドブネズミのガンバとボーボーは、船乗りネズミたちと知り合い、大パーティーを繰り広げていた。するとそこへ、全身血だらけの忠太が助けを求めてやってきた。忠太の故郷、夢が島では仲間たちが巨大なイタチのノロイに襲われ、全滅してしまうかもしれない、と言うのだ。忠太の必死の願いにガンバたちは、夢が島へ船出することを決める。 ガンバ、ボーボー、ガクシャ、シジン、ヨイショ、イカサマ、そして忠太の冒険の旅が始まる。