Takashi Yoshizawa

ゴジラ・アース討伐に力を注いできたハルオ・サカキだったが、ゴジラを倒すために人を超えた存在になるべきと唱える異星人種族ビルサルドと、それに反対する人間たちとの対立が表面化してしまう。やがてハルオは、ビルサルドの中心的人物であるムルエル・ガルグを葬る。さらにハルオの幼なじみのユウコ・タニが、ビルサルドによる人体の強制ナノメタル化で脳死状態になってしまう。ゴジラ・アースを倒す手立てが消えたと人間たちに敗北感と虚無感が広がる中、高次元怪獣のギドラがまばゆい光を放ちながら降臨する。

ゴジラから地球を取り戻す戦いに挑むハルオと仲間たち。人類の生き残りフツアの民の助けを得て、かつて対ゴジラ兵器"メカゴジラ"を開発していた研究所へ向かう。

突如出現した怪獣たちと彼らを倒すパワーを持つゴジラを相手に戦ってきた人類だが、次第に力を失い地球を脱出しようとする。人工知能によって選別された者たちが恒星間移民船・アラトラム号でくじら座タウ星eにたどり着いたが、そこは人類が生存するには過酷な環境であることが判明する。アラトラム号に乗る青年ハルオは移住の道が閉ざされたのを機に、地球に帰還して両親を殺した敵でもあるゴジラを倒そうと決意。長距離亜空間航行で2万年の歳月が流れた地球に戻るが、地上の生態系の頂点にはゴジラが位置していた。

「大災禍」と呼ばれる世界規模の混沌から復興した世界。かつて起きた「大災禍」の反動で、世界は極端な健康志向と社会の調和を重んじた、超高度医療社会へと移行していた。そんな優しさと慈愛に満ちたまがい物の世界に、立ち向かう術を日々考えている少女がいた。少女の名前は御冷ミァハ。世界への抵抗を示すため、彼女は、自らのカリスマ性に惹かれた二人の少女とともに、ある日自殺を果たす。13年後、霧慧トァンは優しすぎる日本社会を嫌い、戦場の平和維持活動の最前線にいた。霧慧トァンは、かつての自殺事件で生き残った少女。平和に慣れ過ぎた世界に対して、ある犯行グループが数千人規模の命を奪う事件を起こす。犯行グループからの世界に向けて出された「宣言」によって、世界は再び恐怖へと叩き落される。霧慧トァンは、その宣言から、死んだはずの御冷ミァハの息遣いを感じ取る。トァンは、かつてともに死のうとしたミァハの存在を確かめるために立ち上がる。