Ferdinando Patulli

1981年、東京。昼は喫茶店を営み、夜は怪盗キャッツアイとして世間を騒がす美人三姉妹、瞳・泪・愛は、美術展から一枚の絵画を盗み出す。同じ頃東京に現れた、神出鬼没の大泥棒・ルパン三世。彼もまたとある武装組織を出し抜き、絵画を盗むことに成功した。両者が盗んだ絵はどちらも、画家ミケール・ハインツの描いた作品――三連作「花束と少女」の一枚。キャッツ三姉妹にとっては、父であるハインツの消息を掴むための重要な手がかり。伝説的な泥棒の“獲物”が自分たちと同じであると知った彼女たちは、その眼差しに美しい闘志を宿す――

ゴジラ・アース討伐に力を注いできたハルオ・サカキだったが、ゴジラを倒すために人を超えた存在になるべきと唱える異星人種族ビルサルドと、それに反対する人間たちとの対立が表面化してしまう。やがてハルオは、ビルサルドの中心的人物であるムルエル・ガルグを葬る。さらにハルオの幼なじみのユウコ・タニが、ビルサルドによる人体の強制ナノメタル化で脳死状態になってしまう。ゴジラ・アースを倒す手立てが消えたと人間たちに敗北感と虚無感が広がる中、高次元怪獣のギドラがまばゆい光を放ちながら降臨する。

ゴジラから地球を取り戻す戦いに挑むハルオと仲間たち。人類の生き残りフツアの民の助けを得て、かつて対ゴジラ兵器"メカゴジラ"を開発していた研究所へ向かう。

突如出現した怪獣たちと彼らを倒すパワーを持つゴジラを相手に戦ってきた人類だが、次第に力を失い地球を脱出しようとする。人工知能によって選別された者たちが恒星間移民船・アラトラム号でくじら座タウ星eにたどり着いたが、そこは人類が生存するには過酷な環境であることが判明する。アラトラム号に乗る青年ハルオは移住の道が閉ざされたのを機に、地球に帰還して両親を殺した敵でもあるゴジラを倒そうと決意。長距離亜空間航行で2万年の歳月が流れた地球に戻るが、地上の生態系の頂点にはゴジラが位置していた。