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Hitomi, Rui e Ai são irmãs e ladras. Elas roubam um quadro de um museu ao mesmo tempo em que Lupin III aparece para roubar outro quadro. Os dois quadros fazem parte da série de Michael Heinz chamada “A Garota e as Flores”. Para as irmãs, os quadros são pistas para o paradeiro do pai desaparecido. Quando elas descobrem que o ladrão lendário está atrás do mesmo alvo, um fogo se acende dentro delas.
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Com o enfraquecimento da aliança com a Terra, Haruo considera se aliar aos Exifs, praticantes de um culto mortal que pode destruir o mundo.
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Haruo e seus companheiros fazem contato com uma tribo indígena. Para derrotar Godzilla, o grupo parte rumo ao laboratório do Meca-Godzilla.
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No século XX, a humanidade soube da existência do Godzilla e, após diversas derrotas, fez um plano para sair da terra e habitar outro planeta. Porém, os cálculos estavam errados e após uma viagem de 20 anos, os humanos perceberam que o planeta escolhido não tinha condições para a vida. O protagonista da trama é Haruo, que viu seus pais serem mortos pelo Godzilla quando tinha 4 anos e agora só quer voltar para a Terra e derrotar o animal. Ao voltarem, no entanto, já se passaram 20.000 anos na Terra, que agora tem seu ecossistema controlado pelo Godzilla.