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人類が滅亡した後の地球で一体の人形「9」が目を覚ます。声が出ない彼は声をかけられた人形「2」と出会い、彼は喋れるようにしてくれた。しかし突然、機械怪獣・ビーストに襲われ「2」は連れ去られてしまう。一人ぼっちになったが次に出会ったのは、リーダーの「1」、女騎士の「7」などの仲間たち。9は2を助けようと仲間たちと共に旅に出る。
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まもなく我が子が誕生するマンモスのマニーは、パパになる準備に夢中。一方、サーベルタイガーのディエゴは平和ボケしてしまった自分を見つめ直すため、一人旅を決意。そんな彼らに取り残され、寂しさを感じていたナマケモノのシドはある時、氷に開いた穴に落ちてしまう。すると、そこで3つの卵を発見。家族が欲しいシドは、それらを持ち帰り育てることにするが、生まれてきたのは、なんとティラノサウルスの子どもだった。
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空腹に耐えかねて目を覚ました天涯孤独のアライグマ“RJ”。彼は、熊のヴィンセントが冬眠中に蓄えた食糧を盗もうとして失敗し、1週間以内に食べ物を元どおりにしなければヴィンセントに食べられてしまうということに。ところが、食料を探して山の麓の森へと向かったRJはびっくり。そこは人間たちによって住宅地に様変わりしていた。そこでRJは、人間の家にはおいしい食べものがいっぱいある、と森の仲間たちを誘惑する。