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秘密組織MIB所属のエージェントJとKは、日々異星人の取り締まり追われていた。長年コンビとしてやってきた2人だが、Kの単独捜査をいぶかしんだJは直接そのことを彼に問いただす。だが、本人は全然聞く耳を持たず何の情報提供もしてくれない。次の日、本部でJはKを捜していたが40年以上も前に死亡していたと聞く。
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地球防衛にあたる特殊部隊SG-1は、侵略種族として宇宙にその名を轟かせたゴアウルドの実力者で最後の生き残りバールの処刑に立ち会う。しかし時を同じくして、バールのクローンが暗躍し始める。処刑の最中にSG-1のティルクとヴァーラが消えてしまったことから、残りのメンバーはバールのクローンが過去へ遡って歴史を変えてしまっていることに気づく。だが、メンバーたちはそのまま元いた世界とは全く別のパラレルワールドに入り込んでしまう。やがて彼らは失われた異星間移動装置“スターゲイト”を見つけて時間の流れを戻し、バールの野望を阻止するために壮絶な戦いを繰り広げていくが…。
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地球防衛にあたる“SG-1”は、リーダーのミッチェルや考古学者のジャクソンら5名で構成される精鋭揃いの特殊部隊。彼らはこれまで異星間移動装置“スターゲイト”を駆使し、数々の宇宙侵略者から地球を守ってきた。はるか遠く、別の銀河から地球征服を狙う一派“オーライ”の脅威が迫る中、SG-1は彼らを打ち破る力を持つという伝説のアーク(聖柩)を探す旅へ出ることに。やがてそのアークが、オーライの銀河にあることがわかったSG-1は、宇宙船オデッセイで目的地へと向かう。そして、ある惑星でアークを見つけることに成功したSG-1だったが、その場をオーライの兵士に発見され、ジャクソンらチームの半数が彼らに捕まってしまうのだった…。