Santena Jenaris King Clough

秘密組織MIB所属のエージェントJとKは、日々異星人の取り締まり追われていた。長年コンビとしてやってきた2人だが、Kの単独捜査をいぶかしんだJは直接そのことを彼に問いただす。だが、本人は全然聞く耳を持たず何の情報提供もしてくれない。次の日、本部でJはKを捜していたが40年以上も前に死亡していたと聞く。

国連で通訳として働くシルビアは、謎の人物たちのグー語の会話から、ある人物の暗殺計画を偶然立ち聞きしてしまう。彼女の周りに怪しい人物が暗躍し、シークレット・サービスのトビンが彼女を守る任務につく。

ニューヨーク。高校生ピーターはクモのようなパワーを持つ正義のヒーロー、スパイダーマンでもあるが、恋人グウェンの亡き父親と交わした“彼女を危険に巻き込まないよう別れる”という約束を果たせずに悩む。そのころ町では孤独な男性マックスが勝手に自分がスパイダーマンのパートナーだと思い込む一方、ピーターの旧友ハリーの父親が総帥を務める巨大企業“オズコープ”がなぜかずっとピーターを監視していた事実が分かる。