Santena Jenaris King Clough

알 수 없는 사건으로 현실이 뒤바뀌고 외계인의 공격으로 위험에 빠진 지구. 게다가 MIB 소속 베테랑 요원 ‘케이(토미 리 존스)’는 하룻밤 사이에 감쪽같이 사라진다. 모든 것을 원래대로 되돌릴 수 있는 사건의 열쇠를 쥐고 있는 유일한 사람은 ‘케이’뿐인데… 사라진 파트너를 찾고 그동안 감춰졌던 우주의 비밀을 캐내기 위해 ‘제이(윌 스미스)’요원은 과거로 위험한 시간여행을 떠나게 되고, 그 곳에서 심하게 젊은(?) ‘케이(조쉬 브롤린)’와 마주하게 된다. 이제 이 둘은 24시간 안에 우주의 비밀을 풀고 현재로 돌아와야만 하는 MIB 사상 최고의 미션에 도전하게 되는데!

아프리카 태생인 UN 통역사 실비아 브룸이 그녀 외 극소수만이 알고 있는 언어로 아프리카 정치 지도자의 목숨을 위협하는 것을 엿들었다고 강력히 주장하면서 사건은 시작된다. 연방요원 토빈 켈러의 보호를 받게 되면서 그녀의 상황은 더욱 더 끔찍해진다. 그녀의 미심쩍은 과거와 그녀가 비밀스럽게 국제적으로 연결 되어 있다는 사실을 파헤치게 되면서 그녀가 음모 속으로 직접 뛰어들지 않았나 하고 더욱 의심하게 되고, 매 순간마다 그는 그녀를 더욱더 의심스럽게 만드는 증거들을 찾아내게 된다.

우연한 사고로 특별한 능력을 갖게된 피터 파커는 대학생과 슈퍼 히어로의 신분을 오가며 짜릿한 생활을 하지만 사랑 하는 메리 제인에게조차 자신의 마음을 열 수 없는 현실은 그들을 안타까운 로맨스로 이끈다. 한편 스파이더맨에게 아버지를 잃고 복수심에 불타는 피터의 친구 해리가 연구 중 폭발로 기계촉수와 엄청난 파워를 갖게된 닥터 옥토퍼스에게 뿌리치지 못할 제안을 하면서 도시 전체가 걷잡을 수 없는 위험에 휘말리게 되고, 스파이더맨의 운명은 점차 예측불가능한 상황으로 전개되는데...