Dennis Salomone Sr.

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？

ニューヨーク市警殺人課の刑事ニック・コンクリン（ダグラス）は妻と離婚し、その子供の養育費を稼ぐのに日々苦労していた。そして、彼はある事件の麻薬密売品の押収品（金）を横領した嫌疑をかけられ、内務捜査官たちから査問を受けていた。そんなある昼下がり、ニックと、同僚のチャーリー・ビンセント（ガルシア）は、レストランに居た日本のヤクザの幹部と子分を、もう一人のヤクザが刺殺する現場に出くわす。追跡の末に男を逮捕するものの、日本国内での犯罪で指名手配されていたため、その男-佐藤（松田）を日本に護送することになった。