Gregor Lakner

南極で研究を続ける古代気象学者ジャック・ホール教授は調査データから地球規模の自然危機を予感する。そして、その4か月後、東京などで異常気象が発生し彼の嫌な予感は現実味を帯びてくる。

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？

地球外知的生命体の存在を研究している天文学者エリーは、ある夜、未知の電波をキャッチする。それはヴェガ星からのものであり、地球上の映像と謎の設計図が納められていることが判明。それはヴェガ星への輸送機関であった。急ピッチで基地が建造されるが、エリーはパイロットの選考から洩れてしまう。だがテロリストによってヴェガへの発進基地は無残にも破壊されてしまう。