Eric Aufèvre

運び屋のフランク・マーティンは依頼主のジョンソンに車から20メートル離れると爆破する装置の付いたブレスレットをはめられ、謎の美女、ヴァレンティーナとともにドイツを目指す。しかし、この依頼には有毒廃棄物を扱う国際廃棄物管理会社の陰謀が隠されていた。

前作から2年。CIAのパメラ・ランディは、ベルリンである事件の調査を行っていたが、何者かの襲撃を受け、調査チームの一人が死亡。時を同じくして、ボーンたちにも危険が迫る。人目を避けてインドのゴアで暮らしていたジェイソン・ボーンと恋人のマリーに刺客が迫り、マリーは殺されてしまう。ボーンはCIAが自分を始末しようとしていると推測してCIAを追い、CIAのパメラは現場に残されたボーンの指紋から襲撃犯はボーンだと考えボーンを追う。そしてベルリンとモスクワを舞台に、次第に「トレッドストーン計画」に隠された真実が明らかになっていく。