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天空闘技場で開催されるフロアマスターによる戦い「バトルオリンピア」。その大会にズシが参加することでウィングに招待されたゴンとキルアは、ゲスト来場していたネテロ会長と再会を果たす。しかし大会開催直前、謎の秘密組織「影（かげ）」に天空闘技場を占拠され、不意をつかれたネテロ会長は「怨」によって念を封じられてしまう。 会長の救出に向かうゴンとキルアだが、「影」のメンバーや彼らによって怨能力を与えられたフロアマスターたちが立ち塞がる。果たしてゴンたちは「影」を打ち破り、ネテロ会長を救出できるのか。そして、「影」を率いる隊長・ジェドとネテロ会長との因縁とは…。
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ある夏の日、5年前に事故で死んでしまったはずの“めんま”こと芽衣子が現れる。かつて、仲良しグループ“超平和バスターズ”を結成していた6人組。芽衣子のほかの5人は、高校生になっていた。事故の日以来、離れ離れになっていった彼らだったが、芽衣子が彼らの前に現われた理由を探すために再び集まる。
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学園都市製宇宙エレベーター「エンデミュオン」完成間近のある日、上条当麻とインデックスは無能力者の少女アリサと出会う。三人で遊んでいると魔術師を引き連れたステイルが来襲し、なぜか科学サイドの人間であるアリサに襲い掛かる。魔術サイドの襲撃に、学園都市はシャットアラウ率いる秩序維持部隊で応戦する。
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Birdy, or Shion Arita, gets a new assignment in Kobe where Sayaka Nakasugi live now. Tsutomu Senkawa is worried about her, so Birdy decides to pay her a visit. However, they are not the only one interested in Nakasugi.
