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Em meio à Batalha Olímpia, torneio que reúne os mestres de andar da Arena Celestial para decidir quem ficará no topo, surge uma nova ameaça. Os descendentes de um grupo que era a face oculta da Associação Hunter tomam a Arena Celestial e exigem a publicação de todas as missões secretas executadas por eles sob ordens da Associação. Seu líder, um velho conhecido do Presidente, quer o fim de todos os Hunters e conta com um poder contrário ao Nen e que se pensava estar extinto, o On.
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O filme conta a história através do ponto de vista de Menma, além de incluir cenas de um ano após os acontecimentos da série.
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Pouco antes da conclusão do elevador espacial "Endymion" da Cidade Acadêmica. Kamijou Touma e Index encontram uma garota nível 0 chamada Arisa. Os magos estão atrás de Arisa, e atacam a Cidade Acadêmica. A líder chamada Shattouaura lidera uma unidade da Cidade Acadêmica para contra-atacar, Kamijou e Index descobrem de Stiyl que Arisa é a chave para infusão de uma guerra entre os lados da magia e da ciência. Quando a ciência cruza seus caminhos com a magia, a história começa com Endymion como palco!
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Birdy, or Shion Arita, gets a new assignment in Kobe where Sayaka Nakasugi live now. Tsutomu Senkawa is worried about her, so Birdy decides to pay her a visit. However, they are not the only one interested in Nakasugi.
