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自分の気持ちを言葉にするのが苦手な中学生の琉花は、長い夏休みの間、家にも学校にも居場所がなく、父親の働いている水族館へと足を運ぶ。そこで彼女は、ジュゴンに育てられたという不思議な少年・海と、その兄である空と出会う。やがて3人が出会ったことをきっかけに、地球上でさまざまな現象が起こりはじめる。
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人と妖の間で忙しい毎日を送る夏目は、偶然昔の同級生・結城と再会したことで、妖にまつわる苦い記憶を思い出す。
そんな頃、夏目は、名前を返した妖の記憶に出てきた女性・津村容莉枝と知り合う。
レイコのことを知る彼女は、いまは一人息子の椋雄とともに穏やかに暮らしていた。
彼らとの交流に心が和む夏目。
だが、親子の住む町には謎の妖が潜んでいるらしかった。
そのことを調べに行った帰り、ニャンコ先生の体についてきた"妖の種"が、藤原家の庭先で、一夜のうちに木となって実をつける。
どことなく自分に似た形のその実を食べてしまったニャンコ先生が、なんと3つに分裂してしまう――!?
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高校入試で全教科満点をとった秀才の佐条利人、ライブ活動をして女子にも人気のバンドマン草壁光。およそ交わらないであろう二人の男の子。そんな「ジャンルが違う」彼らは、合唱祭の練習をきっかけに話すようになる。放課後の教室で、佐条に歌を教える草壁。音を感じ、声を聴き、ハーモニーを奏でるうちに、二人の心は響き合っていった。ゆるやかに高まり、ふとした瞬間にはじける恋の感情。お調子者だけどピュアで、まっすぐに思いを語る草壁光と、はねつけながらも少しずつ心を開いてゆく佐条利人。互いのこともよく知らず、おそらく自分のこともまだ分からない。そんな青いときのなかで、もがき、惑いつつも寄り添い合う二人。やがて将来や進学を考える時期が訪れ、前に進もうとする彼らが見つけた思いとは…。
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妖夢「境界の彼方」を体内に宿す半妖の神原秋人と、その「境界の彼方」を倒すことのできる唯一の存在である異界士・栗山未来。秋人と未来は惹(ひ)かれ合い、一緒に生きていく世界を選択する。ところが、戦いを終えた未来は記憶を失ってしまう。秋人は未来の幸せを願うゆえ、未来と関わらないようにするが、そんな秋人の思いとは裏腹に未来は秋人に接近し……。
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異形の存在・妖夢と人間との間に生まれた半妖の神原秋人は、学校の屋上で栗山未来と出会う。「不愉快です」が口癖でどこか頼りない雰囲気の彼女は、妖夢を討伐する異界士で血を操る一族の末裔(まつえい)だったが、その能力は異界士の中でも異端とされていた。秋人を邪悪な妖夢とみなし攻撃してくる彼女を、秋人はなぜか無視できず……。
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全員同じ大学に合格して後は卒業を間近に控えるだけとなった唯、澪、律、紬は、部室でお茶を飲みながらいつも通りの時間を過ごしていた。ある日唯たち4人は、教室でクラスメートのバレー部が卒業旅行の計画を立てていることを知り、卒業旅行に行くことを決める。その話を聞いた梓も加えて、行先の候補地を決めることになる。当初あみだくじで決めようとしていたが唯のインチキによりあみだくじは中止に。その後、水槽の中に入れた、それぞれの行きたい場所を書いたティーカップの中から、トンちゃんが触れた場所に決める、という方法をとる。その結果、澪の希望しているロンドンに行くことになった。そして、いざロンドンへ出発した軽音部員達だったが、一方で唯達3年生は、唯の提案で先輩として梓に残すものとして、梓に贈る曲のことを考えていた。