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Ruka é uma jovem garota cujos pais são separados e cujo pai trabalha em um aquário. Quando dois meninos, Umi e Sora, que foram criados no mar por dugongos, são levados ao aquário, Ruka se sente atraída por eles e começa a perceber que ela tem o mesmo tipo de conexão sobrenatural com o oceano que eles. O poder especial de Umi e Sora parece estar conectado a eventos estranhos que ocorrem cada vez mais frequentemente, como o aparecimento de criaturas marinhas longe de seu território e o desaparecimento de animais de aquário em todo o mundo. No entanto, a natureza exata do poder dos meninos e dos eventos anormais é desconhecida, e Ruka é atraída para investigar o mistério que cerca seus novos amigos.
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Natsume tem estado ocupado navegando entre humanos e youkais quando ele coincidentemente se reúne com um velho colega de classe, Yuki. Ele traz de volta memórias dolorosas de um certo youkai. Enquanto isso, Natsume também se familiarizou com Yorie, uma mulher nas memórias de um youkai cujo nome ele havia retornado. Yorie sabia muito sobre Reiko, mas agora vivia uma vida pacífica com seu único filho, Mukuo. Estar com essa família era reconfortante para Natsume, mas aparentemente um misterioso youkai estava à espreita em sua cidade.
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A história começa numa aula de música quando, durante o ensaio do coral para o festival escolar, Hikaru Kusakabe percebe que o estudante de honra da escola, Rihito Sajō, não está cantando. De início, ele pensa que o estudante simplesmente não gosta de cantar, até encontrar Rihito ensaiando numa sala vazia na escola. Sem pensar duas vezes, Kusakabe decide ajudar o colega a ensaiar o canto.
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A segunda parte do filme. Continuação da série e do Filme 1.
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A primeira parte do filme divido em duas partes. A história é uma recapitulação da série.
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Yui, Mio, Ritsu e Mugi decidem fazer uma viagem depois da formatura, cujo o resultado da votação para a escolha do lugar é nada mais nada menos que…