Kunihiko Natsume

数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。

霊界が突如、未曾有の大洪水に襲われた。ぼたんはコエンマの命令で閻魔大王の秘宝「冥界玉」を持って霊界を脱出し、幽助に知らせるべく人間界へ。ボロボロの状態で皿屋敷中学の屋上へたどり着いたぼたんは、幽助に重根神社のひなげしに会うよう告げて気を失う。 幽助を探して屋上へやってきた螢子にぼたんを任せ、桑原と共に重根神社に赴いた幽助は、冥界鬼に襲われたひなげしを救い出し、ぼたんを預けた先である幻海の寺で、霊界の様子を見に行った蔵馬とも合流。そして霊界の異変が、かつて人間界を支配しようと企んで閻魔大王に消滅させられた冥界の仕業であることを知った。人間界での冥界の復活を阻止し、水没した霊界を復活させるため、幽助たちはひなげしの案内で霊鬼門に向かうことに。また、この話を寺の外で聞いていた飛影は事態を静観しようとしていたが、寺に雪菜が来たことで単独で霊鬼門の一つを目指す。 しかし、人間界に冥界を復活させようと企む冥界の王の一派によって霊鬼門は次々と奪われ、幻海の結界を破って寺に侵入してきた冥界の王・耶雲とその部下・頼光に襲われた幻海が負傷。そして、耶雲の力の源である「冥界玉」を隠し持っていたぼたんが幻海の寺からさらわれる。その際、幽助とともに寺に戻ってきた螢子、そして幻海とともにぼたんの看病をしていた雪菜も襲われたことで、単独行動していた飛影も一行に加わり、耶雲とその部下達を倒すべく死闘を繰り広げる。

――美しい南の島フィジーのパゴパゴ島に住む海洋生物学者・小畑徹郎とその一人息子・洋助の目の前に“小さないのち”が姿を現したのは、嵐が過ぎ去った静かな朝のことだった。海岸に打ち上げられたそのかわいくて不思議な生き物は、つぶらな黒い瞳で洋助を見つめると「クー！」とひと言鳴いた。その日からそれはクー（ＣＯＯ）と名付けられ、洋助少年との心暖まる交流が始まった。この“ＣＯＯ”こそ、6500万年を超えて生き延びてきた水棲恐竜プレシオザウルスの赤ちゃんだった。しかし、その楽しい日々も長くは続かなかった。絶滅したかに思われたプレシオザウルスの存在を知った巨大な組織が、ある目的のためＣＯＯを利用しようと動き出したのだ。そして、少年の”ＣＯＯ”を守るための戦いが始まった……。