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A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon que estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo. Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida, ele sobe em seu Pidgeot ruma à Árvore da Origem e coloca um fim na guerra. De volta ao presente, o povoado do qual Aaron e Lucario vivam estão comemorando um festival em homenagem aos dois heróis. Como parte do festival, existe um torneio de batalhas Pokémon onde o campeão será o representante de Aaron durante o festival.
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O Mundo Espiritual é atacado por uma forte enchente, arrasando com o lugar, causada por Yakumo, o rei de Meikai, um mundo paralelo ao Mundo Espiritual, que deixou de existir graças ao poder do Rei Enma. Botan então foge ferida para o mundo dos humanos com o objeto que é preciso para Meikai retornar. Yakumo consegue sequestrar Botan, então Yusuke, Kuwabara, Hiei e Kurama vão a luta, para salvar Botan e a Terra.
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After a storm hits their island, Yusuke (driving his jet-ski) finds a baby dinosaur. He show it to his dad, they keep it and call it Coo. But there are other parties interested in a 65 million year old creature...
