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自分を暗殺者に仕立てあげたCIAの極秘プロジェクト、“トレッドストーン計画”などに関する取材を進めていた新聞記者ロスとロンドンで接触しようとしたボーン。しかし、CIAの現地要員に監視されていたロスは、若い暗殺者に狙撃されてしまう。
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前作から2年。CIAのパメラ・ランディは、ベルリンである事件の調査を行っていたが、何者かの襲撃を受け、調査チームの一人が死亡。時を同じくして、ボーンたちにも危険が迫る。人目を避けてインドのゴアで暮らしていたジェイソン・ボーンと恋人のマリーに刺客が迫り、マリーは殺されてしまう。ボーンはCIAが自分を始末しようとしていると推測してCIAを追い、CIAのパメラは現場に残されたボーンの指紋から襲撃犯はボーンだと考えボーンを追う。そしてベルリンとモスクワを舞台に、次第に「トレッドストーン計画」に隠された真実が明らかになっていく。
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A small New Mexican village discovers a severed hand that is considered a miracle of God, when it actually belongs to a murdered spouse with a husband in search of it.