Noriko Takahashi

尸魂界（ソウル・ソサエティ）の中心・瀞霊廷。謎の姉弟の暗躍によって巨大な霊子爆発が発生、瀞霊廷は壊滅の危機に陥り、事態を目撃していたルキアも行方不明となってしまう。一方、現世でその知らせを受けた一護はただちに尸魂界へと向かうが、恋次たち護廷十三隊の死神たちはなぜかルキアの存在を忘れ、ルキアから死神の力を授かった一護に関する記憶も失っていた。隊士たちに追われながらルキアを捜す一護だった。

三谷亘は小学5年生。成績はそこそこで、テレビゲームが好きな普通の少年だった。大きな団地に住み、ともに新設校に通う親友のカッちゃんがいる。街では、建設途中のビルに幽霊が出るという噂が広がっていた。ある日、亘は幽霊が出ると噂されるビルで、要御扉（かなめのみとびら）に出会う。そこを潜り抜けると、亘たちが住んでいる現世とは違う不思議な世界・幻界が広がっていた。

謎の人物から横浜のテーマパークに招待されたコナンと蘭たち。だが皆が遊びに行く中、探偵毛利小五郎とコナンだけがホテルに残され、招待者からの依頼を明かされる。それは彼からのヒントをもとに、ある事件の謎を解いてほしいというものだった。ただし、12時間以内に解決できなければ、蘭たちが身に着けた腕時計型入園パスが爆発するという。コナンは同じく人質を取られた大阪の高校生探偵・平次らと協力して事件を追うが……。

On a walk home, Keroro and Fuyuki stumble upon a hidden shrine. Upon exploring it, they end up causing damage to a shining orb within it. That night, Keroro finds a large X on his face, which causes him considerable distraught. The next morning, a breaking news story shows that the X has spread to more than just Keroro, giving the people of Tokyo telepathic abilities, including the Hinata Household and the Keroro Platoon. The Pekoponians seem to think this is a great gift, but the mark may actually be part of a Pekopon invasion older than time itself.

15年前、北大西洋上で貨物船第一八代丸が氷山に衝突し沈没。船長とひとりのクルーが犠牲になった。時は流れ現代。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、自身が手掛けた豪華客船アフロディーテ号の初航海を見ることなく車を運転中に心臓発作で事故死する。その半月後、園子のはからいでコナン、蘭、小五郎たちは、同号の処女航海に参加していた。だが船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する……。

舞台女優・牧樹里の元に、怪盗キッドから宝石“スター・サファイア”を盗み出すという予告状が届く。牧から宝石保護の依頼を受けた小五郎は、予告状の暗号からキッドが舞台公演中に現れると推理。宝石を守るため、小五郎、蘭、コナンたちは劇場を訪れるが、驚くべきことにコナンたちの前に工藤新一に扮したキッドが現われた。対峙する2人。コナンvsキッド。今まさに、宿命の対決に幕が切って降ろされようとしていた……。

東京・大阪・京都で5人の男が殺害された。5人は仏像・美術品の窃盗を繰り返してきた「盗賊団・源氏蛍」の一員と判明。 警視庁、大阪府警、京都府警による合同捜査が始まる。同じ頃、小五郎はある寺院から依頼を受け、コナン達と共に京都を訪れていた。犯人は「源氏蛍」に恨みを持つ者か？あるいは仲間割れによる犯行か？また、小五郎への依頼との関連は？東西の名探偵・コナンと平次が、力を合わせて事件の解明に挑む！

テレビアニメ『機動戦艦ナデシコ』の続編作品。テレビシリーズのラストから3年後が舞台となっている。 コメディー色の強かったTVシリーズと比べ、物語はシリアスかつハードなものとなっており、話も煮詰まったものとなっている（ただし要所要所にギャグが散りばめられている）。これはTVシリーズにおいて、主人公であるはずのアキトの成長をほとんど描くことが出来ていなかったため、それでは「余りに不憫だ」という監督の佐藤の意向で、彼の物語をルリの視点で追う形のものとなったためである。そのため、佐藤が脚本も手がけた。 加えてTV版ではスケジュールの関係で制作が駆け足だったことや、内容のウケ狙いに走りすぎ、「遊びすぎた」という反省点の元で立ち上がっている。プロデューサーの大月俊倫自身がもう少しシビアな内容を期待していたことと、（スタッフ内でもコメディ部分自体はアリとして）シリアスな場面も納得できる描き方をして欲しいという要望から、作品の総決算として制作された。 当時まだ無名に近かった仲間由紀恵が声優として出演していた（仲間は後日談で、声優としての仕事より取材・インタビューを受けていた時間の方が長かったと冗談半分で語っている）。 佐藤によるノベライズの予定もあったが、後に中止された。原稿の元データは一部を残し紛失しているようで、その一部は『機動戦艦ナデシコ・ノベルテ+』に収録されている。 1999年の第30回『星雲賞』映画演劇部門・メディア部門受賞作品。第21回『アニメグランプリ』グランプリ部門受賞作品。 キッズステーションの特番放送時にエンディング『Dearest』を短くしたバージョンが放映された。