Kiyoshi Nohji

Set in Y-Academy, an elite school that only allows students with top class abilities to enter. The protagonist, Jinpei Jiba, and his unique friends take on the mysteries of the school as transforming heroes.

高校二年生の梓川咲太（声：石川界人）は、空と海が輝く街・藤沢に暮らし、先輩であり恋人でもある桜島麻衣（声：瀬戸麻沙美）と心躍るような日々を過ごしている。しかしそんな日常が初恋の相手・牧ノ原翔子（声：水瀬いのり）の出現により一変。何故か中学生の翔子と大人の翔子との二人が存在しており、咲太はやむなく翔子と一緒に住むことになるが、大人翔子に翻弄され麻衣との関係がぎくしゃくしだす。そんな中、中学生翔子が重い病気にかかっていることが判明。咲太の傷跡が疼きはじめる。

1960年代の東京・さくら元町。少年下町シンは新聞配達のアルバイトをしながら、唯一の肉親である病気の母を懸命に支えていた。しかし謎の妖怪が母に取り憑き、母は突然操られたように家を飛び出した末、車に轢かれて命を落としてしまう。自暴自棄に至ったシンは母の後を追おうと川に飛び込もうとした時、高城イツキに引き止められ「死んだって母さんには会えない」「最後まで投げるな」と諭す。イツキの姉も同じようにビルから飛び降り命を落とし、それは魂を奪う妖怪・玉藻前（タマモ）の仕業であるという真相に至った。

謎の人物から横浜のテーマパークに招待されたコナンと蘭たち。だが皆が遊びに行く中、探偵毛利小五郎とコナンだけがホテルに残され、招待者からの依頼を明かされる。それは彼からのヒントをもとに、ある事件の謎を解いてほしいというものだった。ただし、12時間以内に解決できなければ、蘭たちが身に着けた腕時計型入園パスが爆発するという。コナンは同じく人質を取られた大阪の高校生探偵・平次らと協力して事件を追うが……。

15年前、北大西洋上で貨物船第一八代丸が氷山に衝突し沈没。船長とひとりのクルーが犠牲になった。時は流れ現代。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、自身が手掛けた豪華客船アフロディーテ号の初航海を見ることなく車を運転中に心臓発作で事故死する。その半月後、園子のはからいでコナン、蘭、小五郎たちは、同号の処女航海に参加していた。だが船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する……。

舞台女優・牧樹里の元に、怪盗キッドから宝石“スター・サファイア”を盗み出すという予告状が届く。牧から宝石保護の依頼を受けた小五郎は、予告状の暗号からキッドが舞台公演中に現れると推理。宝石を守るため、小五郎、蘭、コナンたちは劇場を訪れるが、驚くべきことにコナンたちの前に工藤新一に扮したキッドが現われた。対峙する2人。コナンvsキッド。今まさに、宿命の対決に幕が切って降ろされようとしていた……。

東京・大阪・京都で5人の男が殺害された。5人は仏像・美術品の窃盗を繰り返してきた「盗賊団・源氏蛍」の一員と判明。 警視庁、大阪府警、京都府警による合同捜査が始まる。同じ頃、小五郎はある寺院から依頼を受け、コナン達と共に京都を訪れていた。犯人は「源氏蛍」に恨みを持つ者か？あるいは仲間割れによる犯行か？また、小五郎への依頼との関連は？東西の名探偵・コナンと平次が、力を合わせて事件の解明に挑む！

ゲームの世界に入り込める画期的な体感シミュレーションゲームの発表会が催され、有力者の子息らに交じってコナンたちもプレーに参加することに。だが、彼らを待っていたのは、自殺した天才少年プログラマーのヒロキが作り上げた人工知能からの挑戦状だった。ゲームをひとりもクリアできなければ、全員が二度と目覚めることはないというのだ。コナンは19世紀のベイカー街を再現した世界で、切り裂きジャックに立ち向かう……。

コナンら少年探偵団は、西多摩市にある完成間近の日本一高いツインタワービルに立ち寄った。最先端のハイテクビルには、その建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた。そしてビル内で起きる第一の殺人。そんな中、コナンは信じられないものを目撃する。黒のポルシェ356A、コナン＝工藤新一に毒を飲ませた男、ジンの愛車だ。“黒ずくめの組織”がここに？　さらに灰原哀がひそかに何者かとコンタクトを取りはじめ……。

警察官が連続して殺される事件が発生した。凶悪テロ、あるいは過激派の犯行なのか？　殺された2人はいずれも警察手帳をにぎりしめていた。コナンは小五郎とともに事件について聞き出そうとするが、白鳥刑事が放った一言は“Need　not　to　know（知る必要のないこと）”。これは警察内部で使われる用語で、事件が警察内部に関わることを意味する。警視庁からの情報がない中、ついには蘭の命までもが狙われる！