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오직 탑클래스 능력자들만 입학할 수 있는 Y학원. 이곳에 특별한 ‘YSP 선출기준’으로 선발된 진묘한이 들어온다. 진묘한과 친구들은 Y학원에서 벌어진 사건 해결 미션을 받게 되고, 수수께끼 아이템 ‘YSP워치’로 골치였던 학교 폭력사건을 해결하는데 성공한다. 그리고, 그들 앞에 불가사의한 사건들이 연이어 일어나기 시작하는데! YSP워치의 숨겨진 파워와 거대 변신로봇의 정체는? Y학원의 비밀을 둘러싼 요절복통 파란만장 요괴 모험 활극이 시작된다!
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하늘과 바다가 반짝이는 마을 "후지사와"에 사는 고등학생 아즈사가와 사쿠타는 같은 학교 선배이자 연인인 사쿠라지마 마이와 설레는 일상을 보내고 있다. 하지만 어느 날 첫사랑인 마키노하라 쇼코가 등장하면서 그 일상은 완전히 뒤바뀌어 버린다. 알 수 없는 이유로 '중학생'과 '어른', 두 명이 존재하는 쇼코와 부득이한 동거를 하면서 사쿠타와 마이의 관계가 삐걱거리기 시작한다. 그러던 중 '중학생 쇼코'가 위중한 병을 앓고 있다는 것을 알고 사쿠타의 가슴 흉터는 다시 벌어지는데...
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사악한 요괴에게 가족의 영혼을 빼앗긴 ‘서민’은 영혼을 되찾을 방법을 알고 있는 ‘고귀한’과 요괴를 보는 소녀 ‘천송이’의 도움으로 요괴워치를 손에 넣는다. 귀요미 요괴 ‘깜냥이’와 요괴 삼총사를 소환한 세 친구는 소중한 가족을 되찾기 위해 신비롭고 환상적인 요마계로 떠나는데…
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수수께끼의 의뢰인으로부터 초대받아 초대형 테마파크 미라클 랜드를 방문한 코난 일행. 의뢰인은 제한된 12시간 내 자신이 의뢰한 사건을 해결하지 못하면, 코난과 유명한 탐정뿐만 아니라 미란과 장미 그리고 어린이 탐정단의 손목에 찬 미라클 랜드 프리패스 ID에 설치된 폭탄이 폭발할 것이라 위협한다. 부산의 고등학교 탐정 ‘하인성’과 괴도키드를 쫓는 원조 고등학생 탐정 ‘백준수’ 역시 코난과 똑같은 의뢰에 인질이 잡혀있는 상황. 코난과 함께 사건에 도전하는 탐정들은 여기에 ‘괴도 키드’ 역시 연루되어있다는 사실을 알게 된다. 시시각각으로 제한시간인 밤 10시는 다가오고, 정체를 알 수 없는 괴한들의 습격이 계속되는데…
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코난과 유명한 탐정 일행은 보라의 초대로 초호화 유람선 아프로디테호의 처녀 항해에 함께하게 된다. 그러나 유람선 안에서 보라는 의문의 괴한에게 공격당하고, 이는 또다른 살인 사건으로 이어진다. 연이은 범인의 음모로 아프로디테호의 승객과 승무원들은 패닉에 빠지고, 미란에게도 최악의 위기가 닥치는데...
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유명 여배우 연주리에게 괴도 키드로부터 의문의 암호와 함께 ‘운명의 보석’이라 불리는 스타 사파이어를 가지고 가겠다는 예고장이 날아든다. 코난 일행은 괴도 키드를 잡기 위해 그녀가 주연을 맡고 있는 공연장을 지키지만, 아쉽게도 놓쳐버린다. 연주리는 무사히 보석을 지켜준 답례로 코난 일행을 자신의 별장으로 초대하고, 모두 함께 탄 비행기 안에서 의문의 살인 사건이 발생하고 만다. 여기에 기장과 부기장도 의식 불명에 빠지면서, 조종사를 잃는 절체절명의 위기가 닥치는데… 과연 모두의 운명은 어떻게 될 것인가? 괴도키드가 진짜 노리는 것은?!
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오사카와 도쿄, 그리고 교토에서 유명한 문화재 도굴단인 '겐지보타루'의 일원들이 연이어 살해되는 사건이 일어난다. 교토를 방문하고 있던 코난 일행은 그 곳에서 겐지보타루의 소행으로 추측되는 불상 도난 사건을 전해듣고 살인 사건과 연관지어 수사를 시작한다.수사를 위해 고조 다리를 찾은 코난은 그 곳에서 고교생 탐정 헤이지를 만나고, 그와 함께 사건을 조사하기로 하는데...
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IT 회사 신드라 컴퍼니가 개발한 ‘코쿤’이라는 체험 시뮬레이션 게임 시연회에 참석한 코난. 게임이 시작되기 몇 분 전, 게임개발자인 카시무라가 ‘JTR’이라는 의문의 다잉 메시지를 남기고 살해 당한다. 메시지를 본 코난은 가상 게임 속에 살인 동기가 있을 것으로 직감하고 50명의 아이들과 함께 게임에 참여하게 된다. 하지만 인공 두뇌 ‘노아의 방주’의 서버 침입으로 게임은 통제불능의 상태에 빠지게 되고, ‘노아의 방주’는 19세기 전설적인 살인마 ‘잭 더 리퍼’를 이기지 못하면 게임에 참가한 50명의 아이들의 뇌를 전부 손상시키겠다고 협박하는데……
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일본에서 가장 높은 빌딩이라는 쌍둥이 빌딩에 들른 코난 일행은 그곳에서 빌딩 건설을 둘러싼 비밀이 있다는 것을 알게 된다. 첫번째 살인 사건이 일어나는 동안 정체불명의 포르쉐가 빌딩 근처에 나타나고, 코난은 그 차가 검은 조직의 것이라고 확신한다. 한편 의식을 잃은 쉐리는 매일밤 누군가와 연락을 취하는데...
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란은 신이치와 트로피컬 랜드에서 함께 보냈던 즐거운 한 때를 회상하고 있던 중 코난의 전화를 받는다. 코난에게 다시 한 번 그곳에 놀러가자고 말하지만 코난은 하필 그날 작아진 탓에 그 부탁을 들어줄 수가 없어 마음이 무겁다. 친구들과 함께 시간을 보내고 있던 코난은 근처에서 발생한 형사 저격사건을 목격하게 된다. 코난이 형사에게 범인에 관해 묻지만 형사는 오른손으로 가슴을 움켜쥐고서 숨을 거두고 마는데...
