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このナゾを解いた者には、永遠の命が贈られる。 ある日、レイトンのもとにオペラのチケットが同封された1通の手紙が届く……。差出人はレイトンのかつての教え子でもあるオペラ歌手のジェニス。1年前に亡くなったはずの友人が『永遠の命を手に入れたの』と7歳の少女となって現れたという……。 この不可解な出来事を解明するために、ルークや助手のレミとともにオペラが上演される“クラウンペトーネ劇場”へと向かい調査に乗り出した。そこではレイトンの師、シュレーダー博士が研究していた不老不死王国“古代アンブロシア王国”の伝説を元にピアニストのウィスラーが作曲した新作オペラが上演されていた。しかし、そこに集まった観客たちの真の目的は『永遠の命』を手に入れることだった。舞台に現れた仮面の男デスコールが宣誓したのは『永遠の命』を手にいれるための命をかけたナゾトキゲームの開始の合図であった。そして、生けたゲームが幕を開けた……。
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町の人々が、少しずつ本物そっくりのニセモノに入れ替わっているという“そっくり人間”の都市伝説が広まる春日部。しんのすけは、家族で買い物に訪れた大型スーパーで迷子になり、ニセモノのみさえとひまわりに捕まりそうになってしまう。危ういところを助けてくれたのは、国際秘密組織SRIの女性特捜官フィーニーだった。周囲の人々が次々とニセモノに変わる中、野原一家はフィーニーとともに町を脱出しようとする。
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遺伝子操作によって植物を操ろうとした人類の愚かな“地球緑化計画”の失敗から300年。荒廃した地球は、意志を持った“森”によって支配されていた。森との共存を模索する“中立都市”で暮らす少年・アギトは、ある日、立ち入り禁止地域で少女・トゥーラと運命的な出会いを果たす。彼女は、300年間“ステイフィールド”と呼ばれる永久生命維持装置の中で眠りについていた過去の人間だった。