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スズメバチに襲撃され母や仲間達と生き別れ一人旅をしていたみつばち王国の王子、ハッチ。たどり着いた人間の住むセピアタウンでクネクネやニョロリなどのたくさんの仲間に出会い友達になっていった。そしていつも一人ぼっちでハーモニカを吹いていた人間の少女、アミィと出会う。偶然から虫と喋る事ができるようになったアミィは、ハッチと友達になり約束を交わすのだが、やがてハッチはスズメバチがセピアタウンに移動していることスズメバチにハッチのママが捕らわれていることを知るのであった。
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東京・大阪・京都で5人の男が殺害された。5人は仏像・美術品の窃盗を繰り返してきた「盗賊団・源氏蛍」の一員と判明。 警視庁、大阪府警、京都府警による合同捜査が始まる。同じ頃、小五郎はある寺院から依頼を受け、コナン達と共に京都を訪れていた。犯人は「源氏蛍」に恨みを持つ者か?あるいは仲間割れによる犯行か?また、小五郎への依頼との関連は?東西の名探偵・コナンと平次が、力を合わせて事件の解明に挑む!
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高名な建築家の森谷から、高校生探偵・工藤新一宛てにパーティーの招待状が届く。コナンは新一の声で蘭に代理出席を依頼、自分はコナンの姿で付き添うことになった。パーティーの数日後、爆弾のもとになる特殊火薬が盗み出され、連続放火事件が発生。さらには犯人らしき人物から、新一に挑戦するような爆破予告がなされる。見えない犯人を相手に、隠された爆弾を次々と発見していくコナンは、やがて事件の共通点に気付き……。