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평화롭던 꿀벌 왕국에서 말벌 군대의 습격으로 엄마와 헤어진 꿀벌 왕자 '하치'는 엄마를 찾기 위한 긴 여행을 떠난다. 인간 마을인 세피아타운에 도착한 '하치'는 그곳에서 여러 곤충 친구들과 인간 소녀 '아미'를 만나게 된다. 우연한 사고로 '하치'와 대화를 할 수 있게 된 '아미'는 '하치’에게 엄마를 같이 찾아주겠다는 약속을 하게 된다.
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오사카와 도쿄, 그리고 교토에서 유명한 문화재 도굴단인 '겐지보타루'의 일원들이 연이어 살해되는 사건이 일어난다. 교토를 방문하고 있던 코난 일행은 그 곳에서 겐지보타루의 소행으로 추측되는 불상 도난 사건을 전해듣고 살인 사건과 연관지어 수사를 시작한다.수사를 위해 고조 다리를 찾은 코난은 그 곳에서 고교생 탐정 헤이지를 만나고, 그와 함께 사건을 조사하기로 하는데...
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고교생 명탐정 신이치에게 보낸 유명 건축가인 모리야 교수의 파티 초대장을 받은 코난은 어린아이의 몸이라 혼자 갈 수가 없어 일행과 함께 파티에 다녀온다. 하지만 파티에서 돌아오자마자 뉴스에서 모리야 교수의 집이 불타는 장면을 목격하게 되고, 방화 범인으로부터 전화 한 통을 받는다. 자신과 정식으로 승부를 겨루자며 도쿄 곳곳에 설치한 폭탄을 찾아내보라는 것이었다.
