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エウレカが作り上げたスカブコーラル(珊瑚状の情報生命体)の中の仮想世界。 その崩壊とともに、仮想世界の人々がこの地球に姿を現して10年が経過した。この“大融合”の結果、仮想世界の人類は「グリーンアース」を、旧来の地球人類は「ブルーアース」を名乗り、水面下でさまざまな衝突を繰り返すことになった。そしてグリーンアース軍の高官デューイ・ノヴァクは、自分たちの尊厳を守るため、仲間とともに決起し、大規模なテロ計画をついに実行へと移す。 混乱の元凶として世界中から憎まれるエウレカは、国連の独立師団無任所部隊A.C.I.D.(アシッド)の上級戦闘員となっていた。この世界を平和に保つために生きる。それがエウレカの選んだ贖罪の道だった。そんなエウレカに、スカブコーラルを操る能力を持つ新たな“EUREKA”、少女アイリスを保護する命令が下る。最初は対立するばかりだった2人は、孤独な逃避行を通じて、次第に互いのことを理解していく。そして世界が危機に直面した時、エウレカは極限まで自らの力を振り絞って戦う。「アイリスとこの世界を守りたい」。エウレカの願いの果てに待つ未来とは――
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「話をしようと思う。俺と、美遊の……これまでの話を」 世界は滅びに向かって進んでいた。 その歩みを止められるのは、〝聖杯〟たる美遊の犠牲のみ。 世界か、美遊か——。 〝世界の救済〟を掲げるエインズワースが突きつけられた問いに対し、イリヤが出した答えは、両方救うという単純な〝ワガママ〟だった。 戦いは小休止を迎え、一行は美遊と士郎が育った家に身を寄せる。 団らんのなか、士郎は、美遊との過去を話し始めた。 あらゆる願いを無差別に叶える神稚児だった美遊。 士郎は、切嗣と暮らしていた家に、身寄りのない彼女を引き取った。 それから、5年。二人は本当の兄妹のように平穏な暮らしを送ってきた。 しかし、そんな日常は突如として終わりを告げる。 美遊の生家へと訪れた二人。その前に、美遊を“奇跡”として希求する樹里庵が姿を現し——。 美遊と士郎、エインズワースの因縁が、ここに語られる。
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国王側近メンドーサの策略によって、魔女狩りが行われるヴァリアンテ国。人々を守ってきたはずの魔戒騎士と魔戒法師が次々と捕まり、処刑されていく。そんな中、アンナ・ルイスという女性の魔戒法師が火刑に処されながら子供を産み落す。そこへ夫にして魔戒騎士ゾロの称号を持つヘルマン・ルイスが現れ、その子を連れてこつぜんと姿を消してしまう。レオンと名付けられた子供は、黄金騎士の称号を受け継ぐ宿命を背負っており……。
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「大災禍」と呼ばれる世界規模の混沌から復興した世界。かつて起きた「大災禍」の反動で、世界は極端な健康志向と社会の調和を重んじた、超高度医療社会へと移行していた。そんな優しさと慈愛に満ちたまがい物の世界に、立ち向かう術を日々考えている少女がいた。少女の名前は御冷ミァハ。世界への抵抗を示すため、彼女は、自らのカリスマ性に惹かれた二人の少女とともに、ある日自殺を果たす。13年後、霧慧トァンは優しすぎる日本社会を嫌い、戦場の平和維持活動の最前線にいた。霧慧トァンは、かつての自殺事件で生き残った少女。平和に慣れ過ぎた世界に対して、ある犯行グループが数千人規模の命を奪う事件を起こす。犯行グループからの世界に向けて出された「宣言」によって、世界は再び恐怖へと叩き落される。霧慧トァンは、その宣言から、死んだはずの御冷ミァハの息遣いを感じ取る。トァンは、かつてともに死のうとしたミァハの存在を確かめるために立ち上がる。
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京都・舞鶴湾で行なわれたイージス艦体験航海に参加したコナンたち。航海中、突如近づく不審船に艦内は不穏な空気に包まれる。隊員たちの冷静な対処で体験参加者たちは演習だと信じたが、コナンだけはそれが現実の危機だったことに気付く。そんな中、艦内で自衛隊員の左腕が発見される。灰原や阿笠博士、そして陸上の平次と協力して捜査に乗り出すコナン。やがてコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が乗りこんでいることを知る!
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東都スタジアムでサッカー観戦を楽しんでいたコナンたち。その頃、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話が架かる。阻止するには犯人が残した謎の暗号を解読するしかない。蘭が新一に助けを求めた電話で犯行予告を知ったコナンは、暗号解読に乗り出す。次のターゲットは? 犯人はなぜ、小五郎を狙うのか? やがて解読に成功したコナンは同時に“あること”を知る。それは、この事件に仕掛けられた恐るべき陰謀であった!
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朝倉都知事に謎の脅迫状が届き、翌日、開通したばかりの都営地下鉄のトンネルが爆破された。コナンの活躍でけが人こそ出なかったが、彼は事件の裏に都知事が大臣時代に建設した新潟県のダムが絡んでいるのではと推理し、恨みを持つ者がいないか捜査を開始する。ダムを造るため移設された北ノ沢村を訪れたコナンたち。だが彼らを待っていたのは、8年間眠り続けている“少年”冬馬と、雪原の真ん中で見つかった男の死体だった。
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怪盗キッドとの対決に執念を燃やす大富豪・鈴木次郎吉が挑戦状を叩きつけた。世界最大の飛行船ベルツリー号に収めた宝石“天空の貴婦人”を盗んでみよというのだ。制限時間は東京から大阪到着までの6時間。小五郎と蘭、コナンらも飛行船に招待されて乗り込んだ。大空を舞台に名探偵と怪盗の頭脳戦が始まったその時、テロ組織“赤いシャムネコ”が船を襲う。果たしてハイジャックの目的は? キッドとコナンの対決の行方は!?
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日本のとある地方都市「冬木市」に数十年に一度現れるとされる、持ち主のあらゆる願いを叶える「聖杯」。7人の魔術師("マスター")は7騎の使い魔("サーヴァント")と契約し、聖杯を巡る抗争「聖杯戦争」に臨む。聖杯を手にできるのはただ一組、ゆえに彼らは最後の一組となるまで互いに殺し合う。魔術を習うもその才能を見いだせず、半人前の魔術師として生きていた主人公・衛宮士郎。彼は偶然にもサーヴァントの1人・セイバーと契約したことから、「聖杯戦争」に巻き込まれてゆく。
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東京から長野まで、1都3県で6人が殺される事件が発生。いずれの現場にも、印の刻まれた麻雀牌が残されていたことから警察は広域連続殺人事件とみて捜査を始める。探偵・毛利小五郎も出席する捜査会議についてきたコナンは、捜査会議の後、黒ずくめの組織の車を目撃する。一連の事件と黒ずくめの組織との関連は? コナンは謎の組織を相手に危険な事件に立ち向かうことになる。
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高名な元ピアニスト堂本一輝が率いる音楽アカデミーの出身者ばかりを狙った連続殺人が発生。そんな中コナンたちは彼が作った音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれた。コンサートの目玉は、バッハが弾いたとされるパイプオルガンとバイオリン“ストラディヴァリウス”の音色、そして、絶対音感を持つ天才歌手・秋庭怜子の歌声であった。しかし、コンサート本番に向けて、数々の不審な事件が起こり始める……。
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小五郎に連れられ、太平洋の孤島・神海島(こうみじま)を訪れたコナンたち。そこでは海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、18世紀に実在した女海賊アン・ボニーとメアリ・リードの財宝伝説が語り継がれていた。そんな中、ダイビング中の蘭と園子は、宝を狙うトレジャーハンターチームのひとりがサメに襲われ死亡する現場を目撃する。不審なものを感じたコナンは捜査を進め、やがて謎の言葉“ジョリー・ロジャー”が浮かび上がる。
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南海に浮かぶ常夏の島・みかづき島にある月の国。世界的な富豪でもあるその国の王子ミチルは、息子ヒカルとともに諸国漫遊の旅に出ていた。今回ナルトたちに与えられた任務は、王子親子を無事にみかづき島まで送り届けること。サーカス団を丸ごと買ってしまうような王子の桁外れの金持ちぶりに振り回されるナルトたちだが、ようやくみかづき島にたどり着いてみると、そこでは大臣の裏切りによりクーデターが勃発していた。
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三谷亘は小学5年生。成績はそこそこで、テレビゲームが好きな普通の少年だった。大きな団地に住み、ともに新設校に通う親友のカッちゃんがいる。街では、建設途中のビルに幽霊が出るという噂が広がっていた。ある日、亘は幽霊が出ると噂されるビルで、要御扉(かなめのみとびら)に出会う。そこを潜り抜けると、亘たちが住んでいる現世とは違う不思議な世界・幻界が広がっていた。
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謎の人物から横浜のテーマパークに招待されたコナンと蘭たち。だが皆が遊びに行く中、探偵毛利小五郎とコナンだけがホテルに残され、招待者からの依頼を明かされる。それは彼からのヒントをもとに、ある事件の謎を解いてほしいというものだった。ただし、12時間以内に解決できなければ、蘭たちが身に着けた腕時計型入園パスが爆発するという。コナンは同じく人質を取られた大阪の高校生探偵・平次らと協力して事件を追うが……。
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15年前、北大西洋上で貨物船第一八代丸が氷山に衝突し沈没。船長とひとりのクルーが犠牲になった。時は流れ現代。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、自身が手掛けた豪華客船アフロディーテ号の初航海を見ることなく車を運転中に心臓発作で事故死する。その半月後、園子のはからいでコナン、蘭、小五郎たちは、同号の処女航海に参加していた。だが船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する……。
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ゲームの世界に入り込める画期的な体感シミュレーションゲームの発表会が催され、有力者の子息らに交じってコナンたちもプレーに参加することに。だが、彼らを待っていたのは、自殺した天才少年プログラマーのヒロキが作り上げた人工知能からの挑戦状だった。ゲームをひとりもクリアできなければ、全員が二度と目覚めることはないというのだ。コナンは19世紀のベイカー街を再現した世界で、切り裂きジャックに立ち向かう……。
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コナンら少年探偵団は、西多摩市にある完成間近の日本一高いツインタワービルに立ち寄った。最先端のハイテクビルには、その建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた。そしてビル内で起きる第一の殺人。そんな中、コナンは信じられないものを目撃する。黒のポルシェ356A、コナン=工藤新一に毒を飲ませた男、ジンの愛車だ。“黒ずくめの組織”がここに? さらに灰原哀がひそかに何者かとコンタクトを取りはじめ……。
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警察官が連続して殺される事件が発生した。凶悪テロ、あるいは過激派の犯行なのか? 殺された2人はいずれも警察手帳をにぎりしめていた。コナンは小五郎とともに事件について聞き出そうとするが、白鳥刑事が放った一言は“Need not to know(知る必要のないこと)”。これは警察内部で使われる用語で、事件が警察内部に関わることを意味する。警視庁からの情報がない中、ついには蘭の命までもが狙われる!
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暑い夏の日、辻本夏実巡査と小早川美幸巡査は本庁研修を修了し、1年ぶりに墨東署交通課へ帰ってきた。同僚の二階堂頼子・葵双葉・中嶋剣、そして課長・徳野刑事も笑顔で2人を迎え入れる。さらにはヒマラヤに行っていた東海林も帰国するとの連絡を受け、夏実は早くもウキウキモード。そんな中、頼子と葵が駐車場に止めてある車から大量の銃器を押収。さらには墨東各地で信号機一斉故障が発生。またタレこみにより、またも大量の銃器及び謎のMOを押収した。
捜査が進む中、墨東署に蟻塚警視正が来署。今回の事件には課長が関わっているとし、課長は逮捕されてしまう。尋問から出た言葉は「柄本警部」そして「蜂一号」。そしてついに大事件が発生。隅田川にかかるさくら橋が爆破された。犯人によると爆弾は他にもあるという。東京の警察官総出で探すが、爆弾は見つからない。その時、拘置所にいた課長が「蜂一号」とは「本庁所轄警察署襲撃要綱」であると説明を始める。そして調べの中、その警察署のモデルが墨東署だということが発覚。墨東署への魔の手は確実に迫っていた。
果たして夏実と美幸は犯行を阻止することができるのか。2人の乗るTODAYが東京の下町を疾走する。
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怪盗キッドから警視庁に犯行予告が届く。彼が狙うのは鈴木財閥の会長宅から見つかったロマノフ王朝の秘宝“インペリアル・イースター・エッグ”の新たな1個だった。鈴木会長から保護依頼を受けた探偵・毛利小五郎に同行し、コナンと蘭も会長宅のある大阪へと向かう。厳重な警備が敷かれる中、キッドは警察の裏をかく大胆な手口でエッグを盗み出すことに成功するが、ハンググライダーで逃走中に何者かに撃たれ、墜落してしまう。
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目暮警部がボウガンで何者かに撃たれる事件が起こった。そして、蘭の母・妃英理、阿笠博士も相次いで命を狙われる。犯行現場に残されたトランプの意味するものは?捜査が続けられる一方、それをあざ笑うようにターゲットを襲う犯人の魔の手、増える被害者の数、あせるコナン…。手がかりをおっていくうちに海中レストランへ辿りついたコナンたち。そこには他にも招待客が来ていた。彼らに共通するものは?犯人はこの中にいるのか?