Miyoko Shikibu

2116年に起きた東南アジア連合SEAUn（シーアン）での事件の後、どこかへと姿を消した元刑事課一係の執行官・狡噛慎也。彼はいかなる組織にも属しない傭兵として、紛争地を転々としていた。ある時、政情不安な南アジアの小国にやって来た彼は、武装ゲリラに襲われていた難民のバスを救い、テンジンと名乗る少女と知り合う。かつてゲリラに家族を殺された彼女は、復讐のため戦い方を学びたいと狡噛に懇願する。

2117年。公安局の執行官・須郷は、外務省から出向中の花城に、計画中という準軍事組織への参加を打診される。そんな中、彼は自らの軍人時代を思い出していた。2112年夏、沖縄。須郷は国防軍のエースパイロットとして、ある極秘作戦に加わっていた。それから3カ月後。国防省を武装ドローンが襲う事件が発生、身に覚えのない須郷も容疑者のひとりにされてしまう。彼は事件担当の執行官・征陸に協力して真相を追う。

校一年生、三波羅星真の元に音信不通だった親友、敦史から三年半振りに連絡が来た。 「珍しい祭りがあるのだけど来ない？久し振りに会って話がしたいんだ」 星真が居ても立ってもいられず向かったのは、山奥の廃村で行われる「棚機七夜祭り」だった。 しかし、そこに敦史の姿は見当たらない。代わりに出会ったのは自分と同じく「会いたい人がいる」と言う瀬ノ沢志織だった。 「お祭りが終わるまでには、敦史様に御会い出来ると思われます」 祭りの進行役、カンナに言われ、星真は祭りの準備を進めるのだが・・・

2029年3月、総理大臣暗殺事件という戦後最大の事件が発生した。 被害者の中には草薙素子のかつての上司、501機関のクルツもいた。バトーやトグサたち寄せ集めメンバーと捜査を開始する草薙。 「お前たちは私のパーツだ。パフォーマンスを発揮出来ないヤツはパージする」と言い放つ草薙に、「俺たちはパーツか？」と反発するメンバー。 事件の背後にあったのは、戦後の義体開発の行く末を左右する技術的障害【デッドエンド】をめぐる政治的取引。 さらに「洗脳・ゴーストへの侵入・疑似記憶の形成」を一度に行う電脳ウィルス【ファイア・スターター】の存在も見え隠れする。 そして、事件を捜査する中で掴んだ手がかりは、草薙の秘められた生い立ちにも繋がっていたのだった……。暗躍する謎のサイボーグ。 総理大臣暗殺の真相。“第三世界”の存在。その先に待ち構える罠。たった１人で己の“戦場”に向かう草薙は、後に残すメンバーに最後の“命令”を告げる。 「自分のゴースト（魂）に従え」。残された６人が己のゴーストに従う時、はぐれ者の寄せ集め集団は最高のパフォーマンスを発揮するチームへと変化する。 “攻殻機動隊”誕生の瞬間に、世界は震撼する―。

2116年。日本政府は「シビュラシステム」と無人ロボット・ドローンの輸出を開始。実験的導入により、内戦状態だった東南アジア連合SEAUn（シーアン）の水上都市シャンバラフロートは一時の平穏を手に入れた。だが、同連合から日本へテロリストが送られる。シビュラシステムをかいくぐり、中枢へ攻撃を仕掛けようとするテロ一味。そこにはある男の影が落ちていた。刑事課一係の常守朱はシャンバラフロートの捜査へ旅立つ。

戦後復興の兆しある2028年冬のニューポートシティ――。 国外カルテルの利権を巡る水の価格協定への抗議デモを見守る、草薙素子少佐率いる独立攻性部隊の姿があった。その目の前で警備の機動隊による無差別発砲事件が突如発生。それら前代未聞の同時ゴーストハックは電脳ウィルス“ファイア・スターター”が引き金となったものだった。草薙は感染源であるサイードを特定、事件鎮圧のために銃撃する。その最中、草薙の電脳に“枝”をつけた何者かがいた。バトーたちが対象人物の元へと急行すると、そこには全身義体の少女ツダ・エマの姿があった――。陸軍情報部ホヅミ大佐が申し出たエマの引取りを拒絶した荒巻の指示で彼女を護送・調査する草薙は、エマのゴーストへのダイブを敢行。そこには“ブリキの少女”エマと“カカシの男”ブリンダジュニア、ふたつのゴーストが存在した。彼らが目指すものは何なのか。陰謀渦巻くダブルゴーストの真相に草薙が迫る――。

恋人と甘い一時を過ごす休暇中の草薙素子の元に、仲間となったバトーから爆弾テロの急報が届く。その現場を制圧すると主犯のカルディス人の胸にはテロリスト「スクラサス」のシンボルが刻まれていた。 それと同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が死亡した。その所持品には“人魚の脚（MERMAID'S LEG）”と記された義体技師の名刺と義体の脚部が遺されていた。それを手懸りに死んだ刑事の後輩であるトグサが捜査を開始する。

検閲が日常化した日本で、表現の自由を守る“図書隊”の活躍を描く。 正化31年（2019年）の日本、法の下で検閲を行なう“メディア良化隊”から本を守るべく創設された防衛組織“図書隊”。ある図書隊員に救われたことを機に志願し、図書特殊部隊（ライブラリータスクフォース）に抜擢された笠原郁。そんな郁と鬼教官・堂上は、最近起きたテロ事件に小説が似ていると嫌疑をかけられた人気作家・当麻を警護する。

東京では青少年保護条例が敷かれ、未成年の夜間外出やインターネットの利用が制限されていた。水面下で戦う若者たちのチーム、サーラットは、東京を支配する七原文人の背後にある秘密組織“塔”が実験で人間を使っているという情報をキャッチする。一方、サーラットのメンバーは、塔の目的を調べるために地下鉄を調査していたが、そこに異形のモノが出現。すると日本刀を手にした少女、小夜が現われる。

舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。 アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。 あるとき、街で行われたカーニバルに来ていたエドワードは一人の女性に出会った。彼女の名は「ノーア」。彼女には、自分が触った相手の心の中や記憶を観る事ができるという不思議な力があった。彼女は「ジプシー」と呼ばれる被差別民族で、自分たちのことは「ロマ」と呼んでいた。そんな彼女と出会ったエドワードは、次第にドイツで起ころうとしている壮大な計画へと巻き込まれてゆく。そしてそれは同時に、錬金術世界の破滅の危機をも意味していた。 一方、アメストリスで13歳に成長したアルフォンスは兄を探す旅に出る。アルはエドとともに旅した4年間の記憶を失くしていたのだった。そして大切な思い出とともに、希望が時に予想だにしない悲劇を引き起こすことになるということも忘れていた。「兄さんに会いたい」その純粋な想いの果てに悲劇が待っているとは知らずに…。 引き裂かれた兄弟、シャンバラを求める者。門の鍵を為す者、様々な人間の思惑と欲望を孕んで物語の幕は再び上がる。