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突如現れた謎の存在・MUによって、隔絶された東京。中に残った高校生の神名綾人は逆に外の世界が滅亡したと教えられ、恋人の同級生美嶋遙との記憶も遠くなりつつあった。その綾人の前に一人の女性が現れる。
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ある日、東京湾に輸送機が墜落する。その後湾岸の各所で何者かによってレイバーが襲撃される事件が連続して発生。警視庁城南署の刑事、久住と秦は各所で聞き込み捜査を進め、墜落事件の後に巨大なハゼが釣れていた事、墜落した輸送機の貨物コンテナに不審な点があることなどの奇妙で不審な点を突き止める。 その後、6月8日の雨の夜に若者の集うディスコクラブ「バビロン」で車に乗ったカップルの惨殺死体が発見される。時を同じくして近隣にあるバビロン工区の水上コンテナ備蓄基地で突如警報が作動し、停電と共に内部の職員と連絡がとれなくなる、という事態が発生。 近くを走行中のパトカー(城南4)に偶然乗っていた久住と秦は、警備員の通報を受けパトカーに乗る警官らと共に現場に急行。施設内部へと分け入る。しかし、そこで彼らが遭遇したのは廃棄物13号(WXIII)と名付けられた異形の怪物だった。
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植物学者の老人フォーは妻のために木製のロボット“パルム”をつくった。ある日、フォーとパルムの前に女戦士が現れ、天界から持ち出した謎のカプセルを地底世界に届けることを2人に託すと忽然と姿を消してしまう。その直後、地底からの追っ手がやって来てフォーを刺す。死を悟ったフォーはカプセルをパルムのお腹に隠すと地底世界に向かうようパルムに言い聞かせるのだった。パルムは、旅の途中で多くの人間と出会い旅を共にする。ある日、地底世界に行けば人間になれることを知り、地底行きの意志をさらに強くするパルムだった。
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2071年、火星。高速道路でタンクローリーが爆発事故を起こし、タンクから漏れだした物質で500人以上が死傷する大惨事となる。正体不明のバイオ兵器を使用したテロの可能性があることから、火星政府は犯人に史上最高の懸賞金をかけると発表。貧困に喘ぐビバップ号クルーたちが眼の色を変えたのは当然だった……。
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“歌エネルギー"の実験中、突如聞こえてきた咆哮に歌のハートを感じたバサラは、その正体を求めて単身宇宙へと飛び出した。
たどり着いた辺境の星で彼は、村人たちがと恐れる声が、その咆哮と同じものだと知った。
そして、ペドロ少年と共に捜し当てたその声の主は、はぐれゼントラーディの少女・エミリアだった。
歌の力を信じて、ひとり歌の練習をしていたという少女と意気投合するバサラ。
そこに、彼女の歌声をと判断したゲペルニッチの命令で、ガビルがグラビルとナッターバルゴを率いて現れた!
禁断の技で襲いかかるガビルに対し、バサラとエミリアは?
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ゼントラーディのボルド艦隊による地球襲撃から30年を経たAD2040年。地球から10数光年を隔てた惑星・エデンのニューエドワーズ基地にて「AVF(次期主力全領域戦闘機)」のトライアルが行われていた。そこへYF-19のテストパイロットとして「イサム・ダイソン」が転属される。だが、彼が基地に赴くと、そこには彼が良く知っている男が競争相手であるYF-21のパイロット務めていた。ガルド・ゴア・ボーマン…かつてのイサムの親友であり、またライバルでもあった男…。
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人気イラストレーター、うるし智志とよしもときんじが送るSFアニメ。イエッタ軍は浮遊都市を作るシステムを使い支配をもくろむ。システムを破壊するパスワードを託された少女イリーズは軍から追われることになる。逃げつづけるイリーズの前にティータと呼ばれる少年が現れ、ともに逃げることになるのだが…。