Takaaki Fukuyo

2012년 12월 도쿄. 해질녘까지 남아 이야기를 나누던 카미나 아야토와 미시마 하루카. 그들이 있는 교실에 편지를 손에 숨긴 아사히나 히로코가 들어온다. 하루카는 가족들과 만나 도쿄를 벗어난다. 그때, 기묘한 돔 형태의 반구가 나타나 도쿄를 뒤덮는다. 아야토의 상태가 걱정되는 하루카는 아야토의 이름을 부르짖지만 이미 도쿄는 격리되어버렸다. 그로부터 3년 후. 아야토는 그전과 아무런 차이없는 생활을 보내고 있었다. 도쿄밖의 세상은 모두 멸망했는다는 이야기와 함께 하루카의 존재조차 까맣게 잊어만 갔다. 그런 평온한 매일이 지속되던 중, 정체를 알 수없는 괴물체가 도쿄를 공격한다. 공격을 피하며 도망치던 아야토의 앞에 하루카의 환영이 나타난다. 환영에 이끌려 도착한 곳에는 시토 하루카라는 이름의 소녀가 있었다. 아야토가 또다른 하루카와 만난 그 순간, 세상은 예상치 못한 방향으로 움직이기 시작한다.

도쿄만 일대에서 레이버가 습격을 받는 사건들이 발생하자 죠오난 서의 형사, 쿠스미와 하타가 조사에 나서지만 난관에 부딪힌다. 한편 하타는 대학강사인 사에코를 만나 점점 그녀에게 빠지게 된다. 조사를 계속하던 쿠스미와 하타는 만 근처에 떠 있는 비축기지에서 사람을 잡아먹는 괴물과 조우하게 되고 사건의 범인이 이 괴물임을 알아챈다. 하지만 이 괴물이 남긴 근육조각에 대한 분석 결과가 나오자 모든 상황은 뒤바뀐다. 바로 이 괴물이 누군가에 의해 만들어진 괴물이라는 것. 사태는 경시청, 방위청, 특차 2과까지 휘말리게 되고 하타가 모르는 사에코의 모습까지 알게 된다. 수많은 의혹이 교차되는 사이 또 다시 괴물이 도쿄만에 나타나고 특차 2과 제 2소대는 레이버와 함께 이 괴물 사건을 종결짓기 위해 출동한다. 그 사이 하타는 이 괴물이 사에코가 자기 의지대로 만들어 냈다는 사실을 발견한다. 한편 제 2소대는 괴물을 처치하기 위해 스타디움으로 유도한다. 괴물과의 사투를 벌이던 제 2소대는 마침내 괴물을 처치하는데 성공한다.

이상한 생물과 나무들이 혼재하는 지상세계 알키나. 식물학자 포는 마음의 병을 가진 아내 시안을 위해 크룹나무를 재료로 해서 마음을 가진 인형 파름을 만들어낸다. 하지만 파름에게 있어 어머니와도 같았던 시안이 죽고난 후 파름은 그 슬픔을 이기지 못하고 마음의 문을 닫아 버린다. 그러던 어느날 지저세계(타마스)의 솔 족 출신 여전사 코람이 천계(토토)에서 가지고나온 이상한 알을 들고 찾아온다. 코람은 그 알을 지저세계로 가져다 달라는 부탁을 하고는 홀연히 사라져버리고 만다. 그 직후 코람을 뒤쫒아온 지저세계의 사람들에 의해 포는 그만 치명상을 입게 된다. 그러나 포는 숨이 끊어지기 전에 토토에서 가져왔다는 알을 파름의 복부에 넣고는 지저세계로 가도록 시킨다. 이리하여 파름의 파란만장한 모험은 시작된다. 여행 도중에 파름은 소년절도단의 리더인 지저인 샤타와 그의 친구들, 또 마음씨 고운 소녀 포포를 만나며 많은 생각을 하게 된다. 그리고 이 여정에서 파름은 아주 놀라운 사실, 즉 지저세계에 가면 자신도 인간이 될 수 있다는 것을 알게 된다. "포포를 위해 나도 인간이 되는거야"라고 마음먹은 파름. 하지만 파름의 배에 장착된 그 알은 지저세계를 멸망시키게 하는 모종의 비밀이 숨겨져 있었는데.....

2071년의 화성. 도심에서 화물차가 폭발한 후 원인 불명의 죽음이 이어지자, 테러로 판단한 정부가 거액의 현상금을 내건다. 잔챙이 사냥에 지친 카우보이들, 오랜만에 몸 좀 풀어볼까?

마크로스 7 함내에서 꽃에 노래 에너지를 주입하는 실험을 하던 중, 바사라의 노래 에너지가 아닌 또 다른 에너지를 감지해낸다. 이에 흥미를 가진 바사라는 자신의 파이어 발키리를 타고 노래 에너지의 발신원을 향해 변경행성으로 향한다. 하지만 행성의 주민들은 이 노래소리를 '저주의 목소리'라며 꺼려하고 있었다. 결국 노래가 들려오는 설산을 향해 단신으로 날아간 바사라는 아버지를 잃은 소년 페드로와 '저주의 목소리'의 주인공 에밀리아와 만나게 된다. 이들은 노래 경합을 벌이고 뜻이 맞아 의기투합한다. 이때 발생한 강력한 노래 에너지를 감지한 프로토데빌룬 가빌, 그라빌, 낫타바르고가 바사라의 앞에 나타나 금단의 기술 '삼위합체'를 사용, '가비그라고'로 변신해 공격해오는데...

첫 우주 식민지 행성 에덴에서 통합군의 차세대 전투기종을 선정하기 위한 테스트가 진행되고, YF-19와 YF-21의 테스트 파일럿으로 재회한 이사무와 가루도는 여자친구 뮨을 두고 갈등했던 과거로 다시 상처받고, 이것은 차세대 기종 테스트에 까지 이어진다. 한편 뮨이 프로듀싱하는 버추얼 아이돌 샤론 애플은 인간정신을 다시 지배하고자 마크로스 시티에서 콘서트를 연다. 후반부에 이사무와 가르도의 갈등은 해결되지만 가르도는 두 사람의 공중전에서 죽게 되고, 이사무는 샤론의 음모 속에 위기를 맞는 뮨을 구하기 위해 샤론을 저지하러 간다

가스구름으로 가득한 행성 레타에서 동물을 잡아 팔아넘기는 일을 하고 있는 티타 뮤 코시가야는 우연하게 이리스 알도 모디쉬라는 동년배의 소녀를 구하게 된다. 군벌을 이끄는 기젤에 의해 아버지를 잃은 이리스는 레타 행성의 기후를 바꿀 수 있는 연구의 결과를 가지고 있기에, 기젤의 군대에게 쫓기고 있었다. 덕분에 이리스와 함께 쫓기게 된 티타는 레타 행성의 비밀에 점점 더 접근해가는데...