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聖ミカエル騎士団の総帥シン・ヒュウガ・シャイングのギアスが暴走する中、wZEROのパイロット・日向アキトは兄との戦いを決意する。成瀬ユキヤの活躍によりユーロ・ブリタニア軍は3分の1に激減。しかし、本拠地ヴァイスボルフ城を包囲され、戦況は不利な状態のまま。そんな状況で、敵のアシュレイ・アシュラが新たな仲間に加わる。アキトは最後の戦いを前に、切った髪をレイラ・マルカルに渡す。
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ユーロピア共和国連合の特殊部隊“wZERO”のパイロットである日向アキトらは、「方舟の船団」によるテロが敵であるユーロ・ブリタニアの計略だと気付く。アキトたちはユーロ・ブリタニアの本拠・大型飛行艇ガリア・グランデを攻撃、激しい戦闘を繰り広げる。そんな中、司令官レイラ・マルカルがいるwZERO部隊の拠点・ヴァイスボルフ城をユーロ・ブリタニアが襲撃。さらに首都パリでは、ジィーン・スマイラス将軍によるクーデターが決起され……。
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1999年1月、魔術師見習いである黒桐鮮花は、師である蒼崎橙子にある事件の調査を命じられる。それは鮮花の母校である礼園女学院で、生徒の記憶が妖精に奪われているというものだった。妖精を視ることができる両儀式を連れて学院に戻った鮮花は、さっそく調査を開始する。
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1998年10月、両儀式はふとしたことから臙条巴という自称人殺しの家出少年と知り合う。巴に助けを求められた式は、彼に自室を隠れ家として提供し、奇妙な共同生活を送り始める。しばらくの後、巴は自分の親殺しの罪を告白する。奇しくも蒼崎橙子から似たような事件の詳細を聞いていた式は、巴と共に臙条家のある小川マンションへ向かう。
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1998年6月、約2年間の昏睡状態から両儀式は奇跡的に回復する。しかし、目を開けた直後に見えたのは「死の線」。それが何なのかを理解してしまった式は、とっさに自らの目を潰そうとする。そんな中、一人の女性が式を訪ねてくる。その女性は蒼崎橙子と名乗り、「死の線」が見える眼の使い方を教えるといい、そして、式の別人格である「織」がいなくなっていることを指摘する。生の実感を喪失した式は抜け殻のような日々を送るが、その式の病室に毎夜さまよってくるモノがあった。それは、織がいなくなった隙間に入り込もうとする病院にいる悪霊達だった。(式が頼んでいないのに張られた)橙子の結界で悪霊を凌いでいたが、ある日、悪霊は霊安室にあった遺体を使って結界を物理的に破壊し、式に襲い掛かって来た。橙子から投げ渡されたナイフを使った応戦で「生きている死体」は殺したが、悪霊は今度は式の中に入り込む。しかし、それは彼女の計算の内であり、式は自らの中に入った悪霊だけを殺した。
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1998年7月、複数のねじ切られたような変死体が見つかるという、人間の仕業とは思えない猟奇殺人事件が発生する。そんな中、工房「伽藍の堂」の所長である蒼崎橙子に一件の依頼が飛び込んできた。依頼内容は事件の犯人の保護、あるいは殺害。犯人の名前は浅上藤乃。殺された被害者たちに陵辱されていた少女だった。両儀式は藤乃の暴走を止めるため、行動を開始する。
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1995年3月、黒桐幹也は街で一人の少女と出会った。透徹した不思議な眼差しを持った少女に、幹也は一目で心を奪われてしまう。翌4月、観上高等学園の入学式で幹也はその少女と再会する。少女は「両儀式」と名乗り、人を寄せ付けない性格であったが、幹也には少しずつ心を開いていく。ある日、幹也は式のもう一つの人格である「織」と面識を持つことになる。自分は殺人者だと言う織に戸惑う幹也。そんな中、観布子市内では連続猟奇殺人事件が発生し、街は重苦しい雰囲気に包まれていた。