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The Ark Fleet has been destroyed, and a significant number of the enemy's troops have been wiped out due to its crash landing. As the remaining forces of the Holy Order of Michael regroup in order to launch a final assault on Weiswolf Castle, the wZERO unit, along with their new ally Ashley Ashra, stand ready to intercept them. Meanwhile, with his Geass out of control, Shin moves to erase his younger brother's existence once and for all. But Akito, having promised Leila that he will come back alive, refuses to accept such a fate, and the two clash in their final battle.
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While W-0 is away, Leila and the remaining crew at base find themselves surrounded by Britannian Knightmares. Piloting the Vercingetorix, Shin Hyuuga leads the enemy charge, having usurped the position of Grand Master in the Knights of St. Michael. With her core members unavailable, it's up to Leila to protect her comrades, but this may be much tougher than she realizes: a spy lurking among them is finally ready to reveal himself. Left with no choice but to surrender, Leila arranges a meeting with Shin in order to ensure the safety of her squad. But as negotiations begin to fall apart, Akito and an unexpected ally return in the nick of time to turn things around.
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Esse filme se passa na Escola Reien, na qual Azaka estuda para resolver o mistério sobre as fadas. Shiki é mandada por ordens de Touko para ajudar, apesar da ajuda não ser aceita por Azaka.
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No meio de outubro de 1998, Enjou Tomoe é atacado por delinquentes da sua antiga escola e é salvo por Ryougi Shiki. Ele pede a ela para escondê-lo e admite que matou alguém. Vários dias depois após o incidente não houve nenhuma notícia do assassinato como se nada tivesse acontecido.
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Ryougi Shiki é levada para o hospital acompanhada de Koukuto Mikiya. Mais do que estar seriamente ferida, ela perdeu uma importante parte de si mesma.
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Julho de 1998 - Depois que um grupo de delinquentes são encontrados mortos no local de encontro deles com as suas tripas arrancadas e retorcidas, Aozaki Touko recebe um pedido para encontrar o assasssino e pede ajuda a Shiki. O principal suspeito é Asagami Fujino; uma garota que era o brinquedo desses garotos até pouco tempo, a quem Shiki acreditar ser "uma da sua espécie". Enquanto isso, o amigo da escola de Kokutou Mikiya, Gakuto, pede a ele para encontrar um jovem desaparecido relacionado com o grupo de delinquentes, que aparentemente escapou do massacre e se escondeu, temendo por sua vida.
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Uma série de assassinatos brutais está acontecendo em uma cidade pacata. O assassino está ficando acostumado a matar e não há nenhuma pista sobre ele. Contra esses eventos a história do primeiro encontro de Ryougi Shiki com Mikiya Kokutou que irá moudar a vida dela é revelada.
