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2116年に起きた東南アジア連合SEAUn(シーアン)での事件の後、どこかへと姿を消した元刑事課一係の執行官・狡噛慎也。彼はいかなる組織にも属しない傭兵として、紛争地を転々としていた。ある時、政情不安な南アジアの小国にやって来た彼は、武装ゲリラに襲われていた難民のバスを救い、テンジンと名乗る少女と知り合う。かつてゲリラに家族を殺された彼女は、復讐のため戦い方を学びたいと狡噛に懇願する。
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2117年。公安局の執行官・須郷は、外務省から出向中の花城に、計画中という準軍事組織への参加を打診される。そんな中、彼は自らの軍人時代を思い出していた。2112年夏、沖縄。須郷は国防軍のエースパイロットとして、ある極秘作戦に加わっていた。それから3カ月後。国防省を武装ドローンが襲う事件が発生、身に覚えのない須郷も容疑者のひとりにされてしまう。彼は事件担当の執行官・征陸に協力して真相を追う。
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2117年冬。公安局のビルに1台の暴走車両が突入する事件が発生。運転していたのは青森にある潜在犯隔離施設“サンクチュアリ”の心理カウンセラー夜坂泉だと判明する。だが身柄を拘束した公安局刑事課一係が取り調べを開始しようとした矢先、夜坂の即時送還が決定されてしまう。事件を担当する監視官の霜月美佳は、何か裏で大きな力が働いたことを感じ、相棒の執行官・宜野座伸元とともに夜坂の護送に同行する。