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人里離れたジャングルの奥地に、厳しい掟で守られたポケモンたちの楽園・オコヤの森があった。そこへ偶然やって来たサトシとピカチュウの前に、幻のポケモン、ザルードによってポケモンとして育てられた少年ココが現れる。自分のことをポケモンだと信じて疑わないココにとって、初めての「ニンゲンの友達」となるサトシ。そんな中、突如としてオコヤの森に危機が迫り……。
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日本の競技かるた界を牽引する皐月会主催の大会“皐月杯”の会見に招待された小五郎とともに、大阪にやって来たコナンたち。だが、会見会場のテレビ局で爆破事件が発生、コナンは崩壊するビルの中に取り残された西の名探偵・服部平次と幼なじみの和葉を辛うじて救出する。コナンと平次が、目的不明で犯行声明もないこの事件に疑問を抱く一方、彼らの前に平次の婚約者だという競技かるたの高校生チャンピオン、紅葉が現われて……。
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東都スタジアムでサッカー観戦を楽しんでいたコナンたち。その頃、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話が架かる。阻止するには犯人が残した謎の暗号を解読するしかない。蘭が新一に助けを求めた電話で犯行予告を知ったコナンは、暗号解読に乗り出す。次のターゲットは? 犯人はなぜ、小五郎を狙うのか? やがて解読に成功したコナンは同時に“あること”を知る。それは、この事件に仕掛けられた恐るべき陰謀であった!