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포켓몬의 손에서 자라 자신이 포켓몬이라 믿는 소년 코코가 지우, 피카츄와 친구가 되면서 새로운 모험을 시작한다는 이야기.
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갑작스러운 폭발로 대혼란에 빠지고 만 오사카의 한 TV 방송국.마치 테러와도 같은 사건. 하지만 범인의 정체는 물론 범행 목적조차 파악되지 않는 상황이 계속되고, 혼란 속에서 코난과 친구들은 헤이지의 약혼자임을 주장하며 당돌하게 대시하는 카루타(일본의 전통 카드 게임) 대회 고교 챔피언 오오카 모미지를 만나 더욱 당황한다.한편, 방송국 폭발과 동시에 교토에서는 카루타 대회 2년 연속 우승자가 살해당하는 사건이 발생하고, 현장의 TV에서는 다름 아닌 모미지의 경기 모습과 함께 한편의 시가 고요히 울려 퍼지고 있었는데......
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어느 날 탐정사무소로 걸려온 폭탄 테러 예고 전화. 유명한 탐정을 도발하듯 그의 눈앞에서 자동차가 폭파되고 범인은 수수께끼와도 같은 암호를 남긴다. 절박한 상황에서 홀로 암호를 풀어낸 코난의 활약으로 대형 참사는 겨우 막지만 축구 경기장의 대형 전광판에 숨겨져 있던 폭탄이 결국 폭발하고 범인을 잡는데는 결국 실패하고 만다. 그리고 또 다시 도전장과 같은 수수께끼의 암호가 유명한 탐정에게 배달되는데…도대체 다음 목표는 어디이며 누가 범인인 것인지, 그리고 왜 범인은 유명한 탐정을 노리는 것인가!? 축구계 전체를 둘러싼 음모와 위협 속에서 암호를 해독하고 진실을 밝혀라!
