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普通の高校生として暮らしていた明光院景都ことゲイツは、柔道でメダルを取るために練習に励んでいたが、大会の試合中に再起不能の怪我を負い、選手生命を絶たれてしまう。 そこへウォズと名乗る青年が現れ、ゲイツに「君を魔王を倒す救世主に導くためにやってきた。そうでないと、常磐ソウゴが最低最悪の魔王として、その名を轟かせる」と告げ、ライドウォッチとジクウドライバーを差し出す。
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超巨大企業「飛電インテリジェンス」の若き社長・飛電或人(高橋文哉)はある朝うっかり寝坊してしまいます。しかし、気が付いてみるといつの間にか世界は人工知能搭載人型ロボット「ヒューマギア」が支配する世の中になっていました。或人はなぜか社長の座を追われて指名手配とされており、会社はヒューマギアのウィル(砂川脩弥)が社長になっていました。ウィルは「アナザーゼロワンライドウォッチ」を使ってアナザーライダーのアナザーゼロワンに変身、或人は変身ベルト「飛電ゼロワンドライバー」を使って変身して対抗しようとしますが、普段は「衛星ゼア」から発射されるはずの巨大バッタ「ライジングホッパー」が中々現れません。何度かのチャレンジで或人はようやく地中から登場したライジングホッパーをまとって仮面ライダーゼロワン・ライジングホッパーに変身しますが、ライダーの力が奪われているのか本来の実力を出すことができず、アナザーゼロワンの前に敗北を喫したうえにゼロワンドライバーを奪われてしまいました。
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愛と平和のために桐生戦兎 / 仮面ライダービルドがエボルトと激闘を繰り広げている中、伊能賢剛率いるブラッド族が暗躍を始める。東都、西都、北都の都知事になったブラッド族はエボルトに代わって地球滅亡を企み、邪魔なビルドを倒すためにビルド殲滅計画を始動し、日本の全国民を洗脳して暴徒化させてビルドを襲わせる。それにより、戦兎の仲間である石動美空と滝川紗羽も敵と化したうえ、猿渡一海 / 仮面ライダーグリスと氷室幻徳 / 仮面ライダーローグも捕まったばかりでなく、戦兎の相棒である万丈龍我 / 仮面ライダークローズもブラッド族の手先になってしまう。 龍我が戦兎を倒してハザードトリガーを手に入れると、伊能は仮面ライダーブラッドに変身し、パンドラボックスをも手に入れようと画策する。 史上最悪の危機に、ビルド最後の実験が始まる。