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평범한 고교생으로 지내던 묘코인 게이츠는 유도에서 메달을 따기 위해 훈련에 매달리다, 대회 경기 중 재기 불능의 부상을 당해 선수 생명이 끊긴다. 그곳에 워즈라는 청년이 나타나 게이츠에게 "너를 마왕을 쓰러뜨리는 구세주로 인도하기 위해 왔다. 그렇지 않으면 토키와 소고가 최악의 마왕으로 이름을 떨친다"고 하며 라이드워치와 시공 드라이버를 내민다.
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타임 재커의 역사 개입으로 세계는 휴머기어에 인간이 지배되는 구도로 바뀌고 만다. 히덴 아루토는 황폐한 세계에 당혹감을 숨길 수 없지만, 거기에 추격을 가하듯이 휴마기어 윌 / 어나더 제로원의 존재에 의해서 제로원의 힘이 없어지고 만다. 원래의 세계를 되찾기 위해 가면라이더로서의 기억이 되살아난 토기와 소고와 함께, 아루토는 모든 것의 시작일인 12년 전으로 향한다. 그러나, 그런 아루토 앞에, 12년 전의 큰 사고 「데이 브레이크」에 휘말려 목숨을 잃었을 아버지 · 히덴 소레오가 나타난다.
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동도, 서도, 북도 3개의 수도가 펼쳤던 전쟁이 끝났다. 판도라 타워에는 새로운 정부가 수립되고 3개의 수도에는 이제까지의 수상을 대신하여 각각 장관이 배치된 평화를 위한 새로운 체제가 확립되었다 그랬어야 했다... 그러나 그것은 가면라이더 빌드 / 키류 센토를 박멸하기 위함이라는 숨겨진 진실과 이어진 완벽한 계획이었다! 최고의 파트너를 잃고 최악의 상태에서 도출해낸 답은 기적의 법칙!! 어째서 빌드 드라이버에 2개의 보틀이 필요한 것인가? 어째서 가면라이더 빌드 / 키류 센토는 싸우는 것인가? 그 답은 단 하나 『반드시 할 수 있어... 너와 나라면... 자아, 최후의 실험을 시작해볼까』
