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Four talented alien musicians are kidnapped by a record producer who disguises them as humans. Shep, a space pilot in love with bass player Stella, follows them to Earth. Reprogrammed to forget their real identities and renamed The Crescendolls, the group quickly becomes a huge success playing soulless corporate pop. At a concert, Shep manages to free all the musicians except Stella, and the band sets out to rediscover who they really are -- and to rescue Stella.
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トルコ。「ノアの方舟」が乗り上げたと言い伝えられるアララト山でアーカムの調査員が消息を絶った。同時にアララト山に強力な磁場が発生。その影響を受けたアメリカの軍事衛星が消滅した。その半年後、アーカムのNO.1スプリガン・御神苗優は、何者かからの挑戦状を友人の命と引き換えに受け取る。間一髪、難を逃れた優がアーカム日本支部に駆けつけると、そこには「次はお前の番だ!」とのメッセージと共に、3週間前にトルコ支部で襲撃されたアーカムの調査隊の遺体写真が届いていた。優は日本支部の制止を振り切ってトルコへ飛ぶ。だが、優を待ち受けていたのは「ノアの方舟」に触手を動かしたアメリカ国防総省の機械化小隊だった。
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地球暦2005年。セイバートロン星はデストロンの占領下にあった。そしてサイバトロンは、セイバートロン星にある2つの月に設けたムーンベース、そして地球のサイバトロンシティを拠点とし、故郷奪還の悲願に燃えていた。 度重なる激戦の末にサイバトロンは多くの仲間と、そして総司令官であるコンボイまでを失うこととなった。そして、サイバトロンのリーダーが代々受け継ぐ叡智の結晶「マトリクス」はコンボイの身を離れ、新たにリーダーとなる人物を待つことになる。 一方、セイバートロン星で伝説として伝わる超巨大トランスフォーマー「ユニクロン」が宇宙の彼方より現れ、セイバートロン星に迫りつつあった。ユニクロンはマトリクスが自らの脅威と自覚し、スタースクリームの裏切りで宇宙空間に放逐されたメガトロンをガルバトロンとして再生強化し、マトリクスの破壊を命じる。 新生デストロン、そしてユニクロン。果たしてサイバトロンは母星を、マトリクスを守りきれるのか。