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もうすぐ中学校を卒業する伊純は、きれいなカケラを拾った。すると、不思議な世界に迷い込み、同じカケラを持つ同じ年齢の蒼、小夏、あさひと出会う。そこに謎の生命体が出現。彼らポッピン族は、時の谷で全ての世界の時間を制御する存在で、時間が崩壊の危機的状況を迎えていると話す。それを救う方法は、時のカケラに導かれた少女たちがダンスで心を一つにすること。そして、ダンス経験者の沙紀が現れ……。
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マナは、祖母の五十鈴と母のあゆみが着たというウェディングドレスをあゆみから貰う。「このドレスを着るのはいつだろう」とマナが思っていた時に、謎の男マシューが現れ、過去の世界へ飛ばされてしまう。過去の世界で亡くなった祖母の五十鈴やかつて飼っていた愛犬のマロと再会するが、六花やありすがおらず、思い出が書き換わったと知る。このままでは過去も未来も変わってしまうと、それを守るため行動を起こす。
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父であるメフィストが善の心を取り戻し、アコはキュアミューズの役目も終わったとして父と共にメイジャーランドへ帰ることになった。その時、突然街にハウリング音が鳴り響き、街から音楽が消えてしまう事件が発生する。メイジャーランドに連絡を取ろうとするも、何故か反応が無い。
心配に思った響達はメイジャーランドに向かうが、いつも音楽で満ち溢れていたかつての面影は無く、音楽が消え世界は荒れ果て、人々は石のように無表情となり、音の鳴らない楽器を弾き続けたままだった。唯一動いていたアコの友達のスズは、このようになったのはアフロディテが突如変貌し、音楽を奪ってしまったからだと言う。真相を確かめるべく、アコとメフィストはアフロディテのいる城へ向かうが…。
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わたし夢原のぞみ！わたしの誕生パーティーに、チョコラっていう女の子がブンビーに追われてやってきたの。チョコラを助けてあげたら、お礼にってみんなをお菓子の国「デザート王国」に連れていってくれたんだ。そこは、クリ ームパイの花やシュークリームの木、プリンの野原にジュースの川が流れていて、どれもみ～んなおいしい！って、幸せな気分だったのに、悪いビター＆ドライ、ムシバーンが現れて、プリキュアをお菓子にしてやる～だって!!!しかもムシバーンは、デザート女王とココをあやつろうとしていたの!!! そんなこと、ぜ～～～ったい許さない!!!お菓子は好きだけど、お菓子にはならないんだから!!
