Mayumi Okamoto

小五郎に連れられ、太平洋の孤島・神海島（こうみじま）を訪れたコナンたち。そこでは海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、18世紀に実在した女海賊アン・ボニーとメアリ・リードの財宝伝説が語り継がれていた。そんな中、ダイビング中の蘭と園子は、宝を狙うトレジャーハンターチームのひとりがサメに襲われ死亡する現場を目撃する。不審なものを感じたコナンは捜査を進め、やがて謎の言葉“ジョリー・ロジャー”が浮かび上がる。

舞台女優・牧樹里の元に、怪盗キッドから宝石“スター・サファイア”を盗み出すという予告状が届く。牧から宝石保護の依頼を受けた小五郎は、予告状の暗号からキッドが舞台公演中に現れると推理。宝石を守るため、小五郎、蘭、コナンたちは劇場を訪れるが、驚くべきことにコナンたちの前に工藤新一に扮したキッドが現われた。対峙する2人。コナンvsキッド。今まさに、宿命の対決に幕が切って降ろされようとしていた……。

コナンら少年探偵団は、西多摩市にある完成間近の日本一高いツインタワービルに立ち寄った。最先端のハイテクビルには、その建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた。そしてビル内で起きる第一の殺人。そんな中、コナンは信じられないものを目撃する。黒のポルシェ356A、コナン＝工藤新一に毒を飲ませた男、ジンの愛車だ。“黒ずくめの組織”がここに？　さらに灰原哀がひそかに何者かとコンタクトを取りはじめ……。