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A Ilha de Koumi, uma bela ilha no Oceano Pacífico. Na ilha, as pessoas passam uma velha lenda de geração em geração de que existia o Palácio do Fundo do Mar, uma antiga ruína no fundo do mar, onde o tesouro de 2 mulheres piratas, Anne Bonnie e Mary Reed (que realmente existiram 300 anos atrás), foi deixado. Quando Conan e seus amigos visitam a Ilha Koumi durante as férias, eles encontram alguns caçadores de tesouros. Havia algo de suspeito sobre eles.
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Kaito Kid ataca novamente nesta nova edição anual dos filmes Detetive Conan. Uma atriz pediu a Mouri Kogoro para proteger uma joia preciosa dela que Kid jurou roubar. No dia do roubo, Kaito Kid se vestiu de Shinichi e combinou com Conan, e acabou fugindo. Para agradecê-los, a atriz convidou Kogoro e família e amigos para Sapporo, mas um esquema maior, e uma grande emergência está prestes a se desenrolar bem acima das nuvens no avião que eles estão tomando ...
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A cerimônia de abertura do novo edifício das Torres Gêmeas na cidade de Nishitamashi está prestes a acontecer. Com 75 andares, as torres parecem chegar aos céus quando vistas de baixo. Conan e os outros veem as torres a caminho de um acampamento e decidem parar. Eles logo se encontram com Ran, Sonoko e Kogorou, coincidentemente.
