1865年京都。新選組は新たに隊士を募集し多くの志願者が集まる中、一際異彩を放つ美少年がいた。加納惣三郎と名乗るその青年は剣豪・沖田総司をも手こずらせる程の剣の腕の持ち主だった。そして、もう一人、加納と双璧をなす程の剣の腕の持ち主・田代彪蔵の二人が入隊を許可された。しかし、この二人の入隊によって新選組内部の空気は少しずつ変わっていくことになる。田代は衆道（男色）の気を持つ男であり、惣三郎を衆道に引きずり込もうとしていた。そんな中、惣三郎に密かに想いを寄せていた隊士・湯沢藤次郎が何者かによって惨殺される。土方は湯沢の恋敵であった人間が斬ったのではないかと疑い始める。
かつて、妻の浮気に逆上し妻を殺してしまった男・山下拓郎。以来、極度の人間不信に陥った山下は仮出所後、理髪店を営みながらも人々との交流を避け、本音を明かす唯一のパートナーとして“うなぎ”を選ぶ。ある日、山下は河原で自殺未遂の女性・桂子を助ける。桂子は恩返しにと理髪店の手伝いを申し出て、山下は渋々雇うことにするが…。
牢を出たばかりの座頭市は、漁師・儀肋の家にやっかいになった。その小さな漁村では五右衛門一家が賭場を開き、市もつきに任せて遊んでいた。跡目を継いだばかりの若き五右衛門は宿場一体を仕切るために八州取締役に取り入ろうとしていた。大勝ちした市を撫然とした五右衛門一家が取り囲むが、女親分のおはんが取りなした。帰り道で市は刺客に襲われるが、得意な居合い斬りで片づけた。市は旅先で絵を描く浪人と知り合い、色を教えてもらった。その間も五右衛門一家の刺客が襲いかかるが、市の居合い斬りの前には歯が立たない。八州取締役は赤兵衛に五右衛門と対抗するために銃を買うことを勧めた。しかし、赤兵衛は五右衛門と八州が通じていることを知っており、市を用心棒に顧った。一方五右衛門は浪人を新しい用心棒に顧っていた。赤兵衛の宿場で八州は薄幸の少女おうめを手込めにしようとするが、市に斬られた。浪人は湯治場で一度市を見逃すが、五右衛門一家はついに赤兵衛一家を襲う。壮絶な斬り合いの末、赤兵衛は五右衛門の前に倒れた。その時坂の上から早桶が転ってきて、中から現われたのは八州の首を持った市だった。そして市は数十人の五右衛門一家の子分を絶滅させ、最後に五右衛門と浪人も倒すのだった。
