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1970年代。11歳の少年グルーをミニボスとして崇拝し、彼の子分となったケビン、スチュアート、ボブらミニオンたち。グルーのもとで悪事を働いていたが、彼が何者かに連れ去られてしまう。グルー救出に向けて動き出した彼らは、ある事件を機にカンフーの達人マスター・チャウと出会う。マスター・チャウのもとでカンフーの修行に励むが、それが思わぬ事態を引き起こす。
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いろいろなガジェットを使い犯罪を繰り返すバルタザール・ブラットを逃したことで、反悪党同盟を追い出されてしまうグルー。意識消沈する中、生き別れになっていた双子の兄弟であるドルーの存在が判明する。対面を果たしたグルーは、豊かな金髪に輝く笑顔で父親からばく大な遺産を受け継いだ、自分とは違い過ぎるドルーに驚く。一方、グルーが悪の道に戻らないことがわかり彼と決別したミニオンたちは、新たなボスを探す中で思わぬ事態になる。
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人間世界とよく似た、動物だけが暮らす世界。コアラのバスターが劇場支配人を務める劇場は、かつての栄光は過去のものとなり、取り壊し寸前の状況にあった。バスターは劇場の再起を賭け、世界最高の歌のオーディションの開催を企画する。極度のアガリ症のゾウ、ギャングの世界から足を洗い歌手を夢見るゴリラ、我が道を貫くパンクロックなハリネズミなどなど、個性的なメンバーが人生を変えるチャンスをつかむため、5つの候補枠をめぐってオーディションに参加する。
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皮肉屋の怪盗グルーは心を入れ替え、バナナが大好きなミニオンたちに支えられながらマイホームパパになろうと努力していた。ある日、彼は世界トップクラスの超極秘組織「反悪党同盟」に引き抜かれ、相棒のルーシーと共に捜査にあたることになる。そんな折り、彼の家から無敵のチームであるミニオンたちが何者かにさらわれてしまう。