파리 센느강의 아홉 번째 다리 퐁네프. 사랑을 잃고 거리를 방황하며 그림을 그리는 여자 미셸, 폐쇄된 퐁네프 다리 위에서 처음 만난 그녀가 삶의 전부인 남자 알렉스. 마치 내일이 없는 듯 열정적이고 치열하게 사랑한 두 사람. 한 때 서로가 전부였던 그들은 3년 뒤, 크리스마스에 퐁네프의 다리에서 재회하기로 하는데...
롭 고든(Rob Gordon: 존 쿠삭 분)은 레코드 가게 '챔피언쉽 비닐'을 운영하는 30대의 노총각이다. 노총각이라고는 해도 같이 지내는 여자 친구도 있고, 음악광이기 때문에 현재 직업에도 그런대로 만족하는 편이다. 함께 일하는 배리(Barry: 잭 블랙 분)와 딕(Dick: 토드 루이소 분) 역시 엄청난 음악광들인데, 각종 음반과 노래의 제목, 순서까지 정확하게 기억하는 등, 그야말로 걸어다니는 팝뮤직 백과사전이라고 할 만한 친구들이다. 하지만, 느슨하게 삶을 즐기던 롭에게도 위기의 순간이 닥쳐왔다. 오랜동안 사귀어온 여자친구 로라(Laura: 이벤 헤이즐 분)가 갑작스레 이별을 선언하고 집을 나간 것이다. 게다가, 꼴사나운 늙은이(Ian Raymond: 팀 로빈스 분)의 집으로 거처를 옮겨오고... 그는 번번이 여자들에게 차이기만 하는 자신의 처지를 개탄한다. 그리고 그녀들을 찾아나서는데...
잿빛의 이름없는 이 도시는 '구역'이라는 곳으로 철조망으로 둘러싸여 군인들이 지키고 있는 외계의 공간이라 알려져 있다. 아내의 만류에도 불구하고 스토커라는 이름의 한 사내가 칠흑 같은 어둠 속을 걸어나온다. 그는 구역 안으로 사람들을 안내할 수 있는 정신적인 재능을 부여받은 소수의 무리 중의 하나이다. 하지만 이 일은 너무나도 위험천만한 일이기 때문에 정부에 걸릴 경우엔 감옥행도 불사해야 하는 일이다. 사람들이 이 구역 안의 공간으로 들어가고자 하는 이유는 이곳에 가는 오직 한 사람만 자신의 비밀스런 꿈을 이룰 수 있다는 설이 있기 때문이다. 그 날밤, 스토커는 두 사람을 안내해 구역 안으로 들어간다. 한 사람은 유명한 작가로 이제는 영감이 소멸돼 자신의 천재성에 대해 회의를 갖기 시작하는 사람이고, 또 다른 한 사람은 조용한 과학자로 여행보다는 배낭에 더 관심을 가지는 사람이다. 버려진 공간 '구역'에서 그 공간을 향하는 길은 정해져 있지 않다. 그들이 점점 공간에 가까이 다가갈수록 규칙은 변하고 스토커는 커다란 위험에 직면하는데...
빈 집에 갇힌 여자와 빈 집을 여는 남자 태석은 오토바이를 타고 집집을 돌며 열쇠구멍에 전단지를 붙인다. 그리고 오랫동안 전단지가 떨어져 나가지 않은 집을 열고 들어가 얼마간을 살고 나온다. 그렇게 살아가고 있던 태석은 어느 한 빈 집에서 멍 투성이의 한 여자를 만난다. 남편의 집착과 소유욕 때문에 피폐해지고 망가진 채로 유령처럼 살아가는 여자 선화. 하지만 태석은 그녀를 남겨둔 채 서둘러 집을 빠져 나온다. 그러나 자신을 데려가 주길 바라는 것 같던 선화의 공허한 눈빛을 떨쳐버릴 수가 없던 태석은 다시 그녀의 빈 집으로 돌아간다. 그리고 그곳에서 태석은 남편의 강제적인 탐닉에 몸부림치며 괴로워하는 선화를 보고야 만다. 참을 수 없는 광경 앞에 태석은 그만 손에 잡힌 3번 아이언 골프채를 휘둘러 선화를 구해 도망친다. 태석이 그래왔던 것처럼 함께 전단지를 붙이고 빈집을 찾아 들며 지내는 두 사람. 새로 들르는 집마다 마치 늘 살아왔던 것처럼 어질러진 빈집을 치우고 망가진 물건들을 고쳐놓는 태석을 보며 선화는 처음으로 자신이 비어있지 않은 집에 있는 것 같은 따스함을 느낀다. 태석 역시 조금씩 웃음을 찾아가는 선화를 보며 그녀에게 점점 끌리게 된다. 액체가 섞이듯 어느 사이엔가 서로의 아픔과 외로움을 느끼게 된 두 사람은 서로에 대한 사랑을 확인하게 된다. 그런 어느 날, 우연히 찾아 든 빈 집에서 싸늘히 버려진 노인의 시체를 발견하게 된 두 사람은 정성껏 장례를 치러주고 남겨진 빈 집에서 행복한 시간을 꿈꾼다. 그러나 노인의 아들이 들이닥치고 두 사람은 경찰에 연행된다. 선화의 신원을 파악한 경찰은 태석에게 납치와 살인, 무단 가택 침입이라는 혐의를 씌운다. 돈으로 형사와 깡패를 매수한 민규 앞에 처절히 무너지는 태석과 반항도 못하고 집으로 끌려온 선화. 태석은 어떻게든 선화에게 돌아가려 하고 선화 역시 태석을 찾아 지난 날의 빈 집들을 찾아 나서는데…
