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미래에서 온 수수께끼의 남자 패러독스. 가면 속에 숨은 그는 유성의 에이스 몬스터 스타더스트 드래곤을 빼앗고 시공을 초월해 듀얼리스트들과 세계를 위협한다. 위기에 빠진 네오 도미노 시티를 구하기 위해, 그리고 빼앗긴 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 시공을 초월해 주다이를 만난 유성은 역사를 뒤바꾸려고 하는 패러독스의 음모를 알게 되고, 전설의 듀얼리스트 ‘유희’의 시대로까지 거슬러간 그를 쫓아간다. 마침내 유희의 시대에 함께 모인 유성과 주다이는 세계를 구하기 위해서, 그리고 유성의 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 함께 힘을 모아 패러독스와의 최강의 듀얼을 시작하는데…
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10년전 원인 불명의 대화재로 인해 후유키 시는 참상을 겪었다. 그 화재의 원인이 '성배전쟁'이라 불리는 마술사들의 싸움이었다는 사실을 알고 있는 자는 극히 적다. 손에 넣은 자의 소원을 이루어 준다는 성배. 후유키 시의 관리를 맡고 있는 명문 마술사 가문인 토오사카 가의 젊은 당주 토오사카 린은 10년 전의 성배전쟁에서 아버지를 잃고, 다음엔 반드시 이기겠노라 다짐하며 준비를 갖추고 서번트 소환을 실시한다.
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데몬족은 인류에 선전포고를 하고 무차별적인 합체를 시작해 사람들을 패닉으로 몰아 넣는다. 공포에 휩싸인 사람들은 '악마 사냥'을 시작하고 주변의 사람들을 악마로 규정해 무차별로 공격해 점점 파멸의 길로 걸어가고 있었다. 이 폭동에 휘말린 마키무라 미키는 끔찍하게 살해당하고, 지켜야 할 사람을 잃고 인류에 절만한 후도 아키라의 내면에서는 데몬족의 용사 아몬의 의식이 부활한다. 아키라의 의식과 육체를 집어삼킨 광전사 아몬은 인류와 데몬족 양쪽을 무차별로 살해하기 시작한다.
