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No futuro, o mundo encontra-se a beira da ruína e a civilização está próxima da extinção. Qualquer esperança de um amanhã melhor foi mascarada diante da incerteza da escuridão. Um homem, no entanto, acredita que pode fazer algo para resolver isso. Um mascarado, conhecido como Paradox, deseja eliminar o flagelo que ele considera responsável por trazer ao mundo a corrupção (o jogo de cartas Duel Monsters). Paradox está determinado a erradicar essa ameaça perigosa da história, mas em seu caminho estão três duelistas lendários que farão o que for necessário para salvar o que está na linha do tempo, seus amigos, sua família e o jogo que eles amam. Pela primeira vez, Yugi, Judai e Yusei irão se unir e lutar com todo o coração no duelo que vai decidir o passado, presente e futuro!
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O medo corre solto por toda Tóquio com a revelação de que os demônios de fato existem entre nós. A paranóia e o lado mais sombrio da humanidade fervem nas ruas enquanto as pessoas se voltam umas contra as outras, suspeitando que qualquer um possa ser de fato um demônio escondido em roupas humanas. Em meio às crescentes tensões, a tragédia atinge Akira fazendo com que sua mente estale, recuando para seu subconsciente, permitindo que seu alter-ego diabólico Amon se liberte da gaiola de carne de Akira e cause estragos em humanos e demônios.