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마도카와 사야카, 쿄코 셋이서 학교에 등교했는데, 안경을 쓴 모습의 호무라가 전학생으로 들어오게 된다. 그녀도 똑같은 마법소녀였으며, 마미와 마도카, 쿄코, 사야카, 호무라 이렇게 5명의 마법소녀 콤비가 적과 맞써 싸우는데, 반역의 이야기에서는 마녀와 싸우는 것이 아닌, '나이트메어'와 싸우는 것이다. 나이트메어와 싸우며 행복한 일상을 보내는 중 호무라는 이 세계에 대한 위화감을 갖게 되었으며, 쿄코와 같이 미타키하라의 밖의 카자미노 시에 가보자고 제안을 했고, 카자미노 행의 버스를 몇번이고 반복해서 타지만, 도착한 곳은 카자미노 시가 아닌 미타키하라 시였다. 버스가 아닌 걸어서 카자미노 시에 가는 것도 시도해 보았지만 실패로 끝났다. 호무라는 쿄코에게 이 일에 대해 모두에게 비밀로 해 주었으면 좋겠다고 부탁했으며, 쿄코는 납득하지 못하는 듯 하였으나, 끝내 부탁을 받아들였다.
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십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데. 시간은 흘러, 죽은 줄로 알고 있던 멤버까지 합세해 아카츠키가 나뭇잎 마을을 습격한다. 그런데 이상하게도 아카츠키는 별다른 반격도 없이 물러난다. 사투를 끝낸 나루토는 갑자기 나뭇잎 마을에 모습을 드러낸 가면 남자로부터 습격을 받는다. 사쿠라와 나루토는 가면 남자의 동술에 당해 정신을 잃게 된다. 그런데 눈을 뜬 두 사람 앞에 펼쳐진 나뭇잎 마을이 평소와 다르다는 것을 깨닫는다. 카카시나, 츠나데, 제7반의 멤버, 언제나 함께한 동료들이 마치 다른 사람인 것처럼 변해 있는 것이 아닌가. 게다가 사스케까지 마을에 돌아와 있다. 더 놀라운 것은 죽은 나루토의 부모 미나토와 쿠시나가 살아 있는 것!! 도대체 무슨 일이 일어 난 걸까? 갑자기 눈앞의 현실이 변해버리고 만 것에 대해 당혹해 하는 나루토와 사쿠라. 하지만 나루토는 부모와 만날 수 있게 되었다는 기쁨을 감출 수가 없다. 한편, 이 세계는 또 한번 가면 남자에 의해 존망의 위기를 맞게 된다. 구미의 힘을 노리는 가면 남자. 또 한번 나뭇잎 마을에 멸망의 위기가 찾아오게 되는데…과연, 나루토는 가면 남자로부터 세계를 지켜낼 수 있을까?
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어느 날, 교도소가 폭파되는 사고가 발생하자 ‘에드’와 ‘알’ 형제는 그 곳으로 향하게 되고 거기서 ‘멜빈’이라는 탈옥수와 대치하게 된다. ‘멜빈’이 사용한 미지의 연금술로 인해 ‘에드’와 ‘알’은 그를 놓치게 되고, 신비로운 연금술의 비밀을 풀기 위해 이를 조사하던 중 ‘멜빈’에 대한 단서를 얻게 된다. 그러던 중 ‘멜빈’이 얼마 전 ‘아메스트리’라는 나라에 밀입국하려다 체포된 크레타인 ‘줄리아’와 관련이 있다는 사실을 알게 되자 그녀를 찾기 위해 ‘크레타’라는 나라와 국경을 접하고 있는 ‘테이블 시티’로 떠나게 되는데...
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오다의 멸망 후, 세계 진출을 꽤하는 패왕 도요토미 히데요시와 그의 군사, 타케나카 한베에에 의해 일본은 다시 한번 난세로 돌입한다. 도요토미에게 한 번 패하지만 재기를 위해 오사카로 향하는 마사무네와 신겐의 명을 받아 서쪽 지방으로 떠나는 유키무라는 거듭되는 고난을 넘어가며 자신들이 믿는 길을 나아간다. 그리고 도요토미가 천하 통일의 마지막 마무리를 하던 그때 그와 동맹을 맺었던 모리 모토나리가 반란을 결행하여 한층 더 큰 혼란을 일으키던 중, 사츠마군의 아군이었던 유키무라가 이를 무찌른다. 이로써 난세는 종결의 때를 맞았다고 생각되었으나 도요토미의 붕괴는 세번째 전란을 불러온다. 히데요시의 부하였던 도쿠가와 이에야스와 히데요시의 원수를 갚기 위해 마사무네를 노리는 이시다 미츠나리의 대결구도다. 이시다는 히데요시의 왕국을 이어가려고 오오타니, 킨고, 카이, 죽은 오이치 등과 악의 세력을 구축한다. 이에 맞서는 도쿠가와 이에야스는 계속되는 전란으로 무수한 생명이 희생되는 걸 막고자, 전쟁을 종식시키고 평화로운 시대를 열기 위해 무사들을 설득해 나가고 이에 마사무네와 유키무라도 힘을 합하게 되는데…