Key Animation
Madoka Kaname, uma menina normal que tinha uma vida feliz se sacrificou para poder salvar as outras garotas mágícas de um destino cruel que aguardava por elas. Para evitar que suas lembranças sobre Madoka sejam apagadas, a garota mágica Homura Akemi continua lutando sozinha no mundo que Madoka deixou para trás, sonhando um dia em encontrar novamente com aquela que ao sorrir, lhe trazia muita nostalgia.
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Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.
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Depois de um misterioso prisioneiro foge da prisão na Cidade Central, começa a tentativa dos irmãos Elric de recapturá-lo. A busca acaba levando-os a Table City, no sudoeste do país de Creta, onde Alphonse resgata uma jovem alquimista chamada Julia do homem que está tentando capturá-la. No meio da luta, eles literalmente caem na casa de Julia, nas favelas de Milos Valley, e, só então, percebem que estão envolvidos na popular rebelião de seu povo.
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A história do filme está situada depois do conflito criado por Toyotomi Hideyoshi terminar, mas não antes da Batalha de Sekigahara determinar quem deverá ser o Shogun do Japão.
