정부 직속기관 공안 9과의 형사 버트는 대부분의 신체를 기계화 한 사이보그. 그가 인간이라는 증거는 뇌의 일부분과 3년 전 자신의 파트너였으나 실종된 쿠사나기에 대한 기억 뿐이다. 버트는 최근에 파트너가 된 토그사와 함께 각종 사이버 테러와 통제를 벗어난 로봇에 대한 사건을 수사하고 있다. 어느 날 섹스 전용으로 프로그래밍 된 로봇이 갑자기 이상을 일으키며 인간들을 살해하는 사건이 발생한다. 자살을 선택한 안드로이드, 로봇에 더 가까워진 여성, 스스로 육체를 버리고 네트에 융합해 인간을 초월했다고 자만하는 남자... 이들을 통해 버트는 사건의 진실에 점점 다가간다.
제2차 세계대전 패전 후 일본, 초고속 경제성장을 이루며 극심한 빈부격차가 발생함과 동시에 무장 반정부세력 ‘섹트’의 세력이 더욱 커져가던 혼돈의 시기. ‘섹트’의 테러가 극렬해지자 이를 진압하기 위해 독자적인 권한과 군사력을 가진 수도권 치안 경찰기구 수도경 특기대를 창설한다. 그리고 비밀 첩보 암살팀 ‘인랑’에 대한 무성한 소문이 떠돌게 된다. 특기대 최정예요원 ‘후세 카즈키’는 임무 수행 중 ‘섹트’의 빨간 두건단(폭발물 운반하는 여자나 아이)을 맞닥뜨리지만, 제압하지 못하고 망설이던 찰나 소녀는 스스로 자폭한다. 그날의 트라우마와 죄책감으로 인해 찾아간 소녀의 납골당에서 그녀의 언니를 만나게 되는데… 운명을 거스르고, 사랑을 선택할 수 있겠는가?
어느 날 가족들에 의해 낯선 공간에 버려진, 늘 까마귀 털로 만든 옷을 입고 다니는 매력적인 소녀 코코. 그녀가 버려진 공간의 사람들은 모두 하얀 옷을 입고 있다. 그리고 그들은 자신을 환자라고 부른다. 그리고 이상하기만한 이곳에서 만난 두 명의 친구 츠무지와 사토루. 각자의 아픈 상처를 숨긴 채 서로 가까워지는 세 사람은 우연히 본 성경책에 나와있는 말대로 곧 다가올 지구의 멸망!을 보기위해 담장 위 여행을 감행하는데...
사랑했던 연인 후지이 이츠키가 죽은 지 2년. 그의 약혼녀 와타나베 히로코는 여전히 그를 잊지 못하고 있다. 추모식 날, 히로코는 그의 중학교 졸업 앨범에서 지금은 이미 국도가 되어 버린 그의 중학교 시절 주소를 발견한다. 그리운 마음에 안부를 묻는 편지를 띄우는 히로코. 하지만 며칠 후, 후지이 이츠키로부터 거짓말처럼 답장이 날아오고, 히로코는 편지를 보낸 그 사람이 그와 같은 이름을 지닌 여자이며 그의 중학교 동창이라는 것을 알게 된다. 후지이는 히로코의 부탁으로 중학교 시절을 추억하고, 아름다웠던 중학교 시절의 이야기가 히로코에게 편지를 통해 들려진다.
2백 년 전, 일본에 마케도와 다케다라는 두 사무라이 집단이 있었다. 이 두 세력은 한 쪽이 멸망할 때까지 서로를 죽여왔고, 이들 사이의 힘겨루기는 후대까지 지속적으로 이어져 내려온다. 출장 때문에 일본을 방문한 라씬은 호텔 바에서 신비한 동양 여인을 만나 하룻밤을 보낸다. 그 정열이 채 가시기도 전에 라씬은 보지 말아야 할 것을 보아 버린다. 검은 복면을 하고 검은 옷을 입은 사무라이들이 긴 일본도로 여인의 목을 내려쳐 버린 것이다. 사무라이 중 복면을 하지 않은 킨죠는 자신의 얼굴을 본 라씬을 내려치곤 달아난다.
